Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcagccacattttctctggagcatttattttgtgttgtgattcattttagtgggtgatttagaagggctggcttggtgaagtggttctatcttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G011518_T04
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G011518_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os10g42940.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
----------------------------------GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcagccacattttctctggagcatttattttgtgttgtgattcattttagtgggtgatttagaaggg-ctggcttggtgaagtggttctatcttt----
                                  || || || |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    || |||||    | |||         |||  ||| || | |  | |  ||||  |    || ||||| | |  ||  | |||        
GCTCTAACTTACTGTGTGGTAATCTGTCTTTCAGGCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaac----ttgtctctttttctttttccagaacctgtatttc-ttatggcagctactttaacatcatctagcttgttcagatgactatattacctttt

upper sequence: GRMZM2G011518_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os10g42940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcagccacattttctctggagcatttattttgtgttgtgattcattttagtgggtgatttagaaggg-ctggcttggtgaagtggttctatcttt----
|| || || |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    || |||||    | |||         |||  ||| || | |  | |  ||||  |    || ||||| | |  ||  | |||        
GCCATTATTAATGACCCTTTTATGCTTAATAGTGTTCTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgctcaac----ttgtctctttttctttttccagaacctgtatttc-ttatggcagctactttaacatcatctagcttgttcagatgactatattacctttt

upper sequence: GRMZM2G011518_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA11G01380.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgt-tcagccacattttctctggagcatttattttgtgttgtgattcattttagtgggtgatttagaagggctggcttggtgaagtggttctatcttt--
 | || || |||||||| |||||||| || |||||  | ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |  || ||  ||| |     |  ||   ||  |    |||       |    ||| || |    |    |   |     ||  ||   | | |   
ACAATCATAAATGACCCATTTATGCTCAATAGTGTCATCTTGGTGTTTGCCAACAAACAAGACCTGgtatgtgtttgctac--ttttttatatgtgttctcttaattgcatgacctgacatta-aggttatctctgtgactggagatcacataggagtcaaaacatgta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5871721|gb|AW018192.1|AW018192
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|16927540|gb|BM080609.1|BM080609
EST:     TGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: TGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|16925700|gb|BM078768.1|BM078768
EST:     AACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: AACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|60357839|gb|DN224812.1|DN224812
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|14324038|gb|BG929515.1|BG929515
EST:     AGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: AGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|76285293|gb|DV024861.1|DV024861
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|60394445|gb|DN227315.1|DN227315
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|78021761|gb|DV490148.1|DV490148
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|60337699|gb|DN204672.1|DN204672
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|166598077|gb|EG306730.1|EG306730
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAAGCAATGACTCCGA
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGA-GCAATGACTCCGA
EST: gi|14311493|gb|BG901248.1|BG901248
EST:     TTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: TTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|76010832|gb|DT938002.1|DT938002
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
EST: gi|60399444|gb|DN232256.1|DN232256
EST:     CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATG                         AGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC
genomic: CTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 173

GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 148

GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 135

GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 219

GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcag ... gctaatgcagAGGGGAGCAATGACTCCGATGGAAGTGTGTGAGGGCCTTGGGCTGTATGACCTGACGAACCGCATCTGGCACATCCAGGGCACCTGTGCTCTAAAAGGCG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTATAATCAATGACCCTTTTATGCTTAACAGTGTGTTATTGGTGTTTGCTAACAAGCAAGACATGgtatgttcagccacattttctctggagcatttattttgtgttgtgattcattttagtgggtgatttagaagggctggcttggtgaagtggttctatcttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA