Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCCAAGTTCACACAGCAGGAGTTGCTAGCTTGCAAGCCGATTCTTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttggtcttactcagttttcacttcaaagtttgacgtcggcactcttgggagtttgaggaacttccttcagaatgtgagagatttttatgggaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G008647_T04
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558990|gb|CA831225.1|CA831225
EST:     TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTG                         GTAACGCCTAA
genomic: TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttgg ... ttttttgtagGTAACGCCTAA
EST: gi|87156320|gb|DY401109.1|DY401109
EST:     TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTG                         GTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
genomic: TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttgg ... ttttttgtagGTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: gi|26559048|gb|CA831283.1|CA831283
EST:     TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTG                         GTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
genomic: TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttgg ... ttttttgtagGTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: gi|22520845|gb|BU079656.1|BU079656
EST:     TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTG                         GTAACGCCTAATCTTTATG
genomic: TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttgg ... ttttttgtagGTAACGCCTAATCTTTATG
EST: gi|87156605|gb|DY401394.1|DY401394
EST:     TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTG                         GTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
genomic: TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttgg ... ttttttgtagGTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
EST: gi|149045408|gb|EE047831.2|EE047831
EST:     TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTG                         GTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT
genomic: TTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttgg ... ttttttgtagGTAACGCCTAATCTTTATGGCAATTTGGTGGCTAACACGGCTGCAGGTATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTCCAAGTTCACACAGCAGGAGTTGCTAGCTTGCAAGCCGATTCTTACTCCAAAATGGGTAGGCTTACGGGTTGTGAAGATTATGATGCTACTGgtaagtttggtcttactcagttttcacttcaaagtttgacgtcggcactcttgggagtttgaggaacttccttcagaatgtgagagatttttatgggaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA