Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtcatcatgtgtttcttattcatataagtattagaaatggataatttcttaaagaaatatcttgctagtatcaacaatgtggttatttaatta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G006130_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G006130_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g03470.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtcatcatgtgtttcttattcatataagtattagaaatggataatttcttaaagaaatatcttgctagtatcaacaatgtggttatttaatta--
|||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||||||  | || |||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||| |   | ||    ||||  |  ||  | |   |     | |    |  |  | |   |   ||| ||   |  |  ||  |  | || | | |   |  
ATGTTTCAGTCGGAATACTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTTCTCTGTGACAATTGCCCAGCTGGTGGTGTTGGCATTTATAACCCAGGATTCTGGGGCATGgtatgggtttatgtattgttgttctttagtttgttttcctcatagtactgctaccattttgctgtattttctcatga--aattacctagtaaatcatggacc

upper sequence: GRMZM2G006130_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g03730.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtcatcatgtgtttcttattcatataagtattagaaatggataatttc---ttaaagaaatatcttgctagtatcaacaatgtggttatttaatta
|||||| ||||| || | ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||| |   | || || |  || || || |  |   | |    |  | ||   | |   ||       | |  |  ||  || |||||     | ||  |    
ATGTTTTAGTCGGAATACTGTTGCTCTAAGGATGGAGGTTCTCTGTGATAATTGCCCAGCTGGTGGTGTTGGCATTTATAACCCAGGGTTCTGGGGCATGgtatgggcttat-atatcgttgttctttagtttgttttcctcacagtattgctgccattttctttccttttctcataaaattaacaagtaaatcatggacc--

upper sequence: GRMZM2G006130_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G30450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
--ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGC--TCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtcatcatgtgtttc--ttattcatataa-gtattagaaatggata-atttcttaaagaaatatcttgctagtatcaacaatgtggttatttaatta
  | ||| || |   |     | |    | |||    | ||||        |   ||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  ||     | ||    ||   | | | |||| |   ||   |  || ||| ||||| | || ||| |    |  |  |     |||    | |||||    
TAAGGTTGCACTTCGATTGGAGGTATCATGTGACAGCGAAGGT----GACAACATCTGCCCAGCTGATGGTGTTGGTGTTTATAATCCTGGTTTCTGGGGCATGgtgagactaattgatacccttgcatcaattatatcataaatcttatgtgcatatatttcctgaacaaaaaaaaagacaaaaaactgaataacataattta----

upper sequence: GRMZM2G006130_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G27460.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
--ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtcatcatgtgttt--cttattcatataa-gtattagaaatggata-atttcttaaagaaatatcttgctagtatcaacaatgtggttatttaatta-
  | ||| || ||  |     | || | || |   | |           |   ||| || |||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||     | ||    ||  || | | | || |   ||   |  || ||| ||||| | || ||  |       |    ||| ||  || | |   |  || 
CAAGGTTGCACTCCGATTGGAGGTGTTATGTGACAGCAAAGGT--GACAACATCTGCCCCGCTGATGGTGTTGGTGTCTATAACCCTGGTTTCTGGGGCATGgtgagactaattgataccgttgcctcaattacatcataaatcctatgtgcatagatttcctgaacaagaaaa-----aaagacaaaaacctgatgaaaaacataa

upper sequence: GRMZM2G006130_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G27490.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacga-tgtca--tcatgtgtttcttattca-tataagtattagaaatggataatttcttaaagaaatatcttgctagtatcaaca-atgtggttatttaatta
 || |||   || ||||  || ||  | || ||||| || || |||||  | || ||  ||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  || |   |  | |||||| || |||  | | | | |  ||        |   |||||      |||| ||  |  | |||| | | ||    ||||     
TTGCTTCGAACGCAACAAGGTAGCATTAAGAATGGATGTGCTGTGTGACAATTGCCCTTCTGATGGTGTTGGTGTCTCTAACCCGGGTTTTTGGGGCATGgtgagaataataaataatgtgtctcatatgaactcttatttctatgttcctttcccttctttgtatgatatattcttgatttcaaaataagtctcaattt-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148950545|gb|EC896122.2|EC896122
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|8367215|gb|BE050160.1|BE050160
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAGGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGACCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|32924412|gb|CF029224.1|CF029224
EST:     AGTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|32924555|gb|CF029367.1|CF029367
EST:     AGTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|32924548|gb|CF029360.1|CF029360
EST:     AGTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|88755664|gb|DY539805.1|DY539805
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|32924263|gb|CF029075.1|CF029075
EST:     AGTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|148953656|gb|EC899016.2|EC899016
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAAGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|148953586|gb|EC898940.2|EC898940
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|91051534|gb|EB161952.1|EB161952
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|148956552|gb|EC902392.2|EC902392
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|149100793|gb|EE186887.2|EE186887
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|32924256|gb|CF029068.1|CF029068
EST:     AGTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|60399112|gb|DN231926.1|DN231926
EST:     ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATG                         AACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
genomic: ACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCA
EST: gi|211169043|gb|FL129155.1|FL129155
EST:     TGTCCAGCTGGTGGTGTTTGTGTTTAATA-CCCAGGTTTTTGGGGGCATG                         AACATAGAAGGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCC
genomic: TGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTA-TAACCCAGGTTTTTGGGG-CATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAG-ATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 206

ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCAGAAACAAAGGATCTAACAGTTTCATTAACAAGCTCTGATGGGTTGCAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 524

ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCAGAAACAAAGGATCTAACAGTTTCATTAACAAGCTCTGATGGGTTGCAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 517

ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCAGAAACAAAGGATCTAACAGTTTCATTAACAAGCTCTGATGGGTTGCAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 365

ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtc ... caacttacagAACATAGAAGATGGGAAGGCCTACAATCTCGTTATGTATGTTCAGTCCCCAGAAACAAAGGATCTAACAGTTTCATTAACAAGCTCTGATGGGTTGCAAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGTTTCAGTCGAAACATTGTTGCTCTGAGGATGGAGGTCCTCTGTGATGACTGTCCAGCTGGTGGTGTTGGTGTTTATAACCCAGGTTTTTGGGGCATGgtacgatgtcatcatgtgtttcttattcatataagtattagaaatggataatttcttaaagaaatatcttgctagtatcaacaatgtggttatttaatta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG