Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G005737_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G005737_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g01840.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCAT---AAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccag
| ||||||||||| ||| || ||||||   |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||| | | ||  ||||||     ||  ||| |  |  ||   ||||||  | |||         ||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||
GCACTGGATGACCCTTCGCAATCCCATGAGAAGTTTGCAGTTGGGACTAAAGTGCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGGGAGTGgtaggtttct-tctaatgcacctat-----ttcttgtttcaaacattcaaccttttctgtttag------gttctattacaacatatttgattagctgaattgtcag

upper sequence: GRMZM2G005737_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0035g01830.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GGACTGG---ATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccag
|  |  |   |  ||  |   |||| |   || ||  |  |||| || | ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||        || ||    |    |  |    |   ||| || ||  | ||  | ||||    ||  ||| |||    |   ||||||||| ||| |   |||
GAGCCAGGAAACAACTCTGATCATTACGGAAAATTCCCTATTGGCACAAAAGTTCAAGCAGTTTGGAGTGAAGATGGGGAATGgtgagtaaaataaagacatctaaacttctaatcaaattctgattattttttcatt--tgttttatctatt-ttttattgt--ctgttttgattagttgattcctcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211368456|gb|FL037566.1|FL037566
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCTTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211144983|gb|FK968676.1|FK968676
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACA
EST: gi|211144986|gb|FK968679.1|FK968679
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTT
EST: gi|211371102|gb|FL037574.1|FL037574
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211144976|gb|FK968669.1|FK968669
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTA
EST: gi|211147843|gb|FK968702.1|FK968702
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211371099|gb|FL037571.1|FL037571
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|71449332|gb|DR830382.1|DR830382
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211146412|gb|FK968685.1|FK968685
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGAAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGC
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGC
EST: gi|211371101|gb|FL037573.1|FL037573
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGAT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGAT
EST: gi|148939314|gb|EC883829.2|EC883829
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|93282956|gb|EB675220.1|EB675220
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211368451|gb|FL037561.1|FL037561
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211368454|gb|FL037564.1|FL037564
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|78075367|gb|DV503801.1|DV503801
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|31357633|gb|CD441990.1|CD441990
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211146414|gb|FK968687.1|FK968687
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGA-AATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTA
EST: gi|211147840|gb|FK968699.1|FK968699
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTSTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAAACGTTGAAGCTTTGA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGA
EST: gi|211144989|gb|FK968682.1|FK968682
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCA
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCA
EST: gi|211143550|gb|FK968666.1|FK968666
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTKTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTT
EST: gi|211368457|gb|FL037567.1|FL037567
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTT
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTT
EST: gi|211371098|gb|FL037570.1|FL037570
EST:     TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATG                         GTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAG
genomic: TTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 239

GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 207

GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 243

GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 222

GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttct ... gaattgccagGTATAATGCAACCGTTGAAGCTTTGACACCAAATGGATACTATGTAGCCTACGATGGCTGGGGAAACAGTGAAGAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGACTGGATGACCTTTCACATTCCCATAAGTTTGCCGTTGGTACTAGAGTTCAAGCTGTGTGGAGTGAAGATGGAGAATGgtgagtttctctttgatatacctatcattgtttgtgtctagatgatcttacctttaatatttttcacatcatttcattacaacatgtttgattagctgaattgccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA