Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGATTGCAGGACTGTGGATCCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttgttcgttaacattctttgatgcattaagaagcgttaatgtgttactcagttatggttttttgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G004349_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G004349_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g45050.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
------------------------------GTGATTGCAGGACTGTGGATCCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttgttcgttaacattctttgatgcattaagaagcgttaatgtgttactcagttatggttttttgtgcag---
                              ||  | |  || || ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||| || |     ||||    |  |    |||  |    |     |||||| ||  ||  ||||| | |   |   
AATTTGCTTATGCTGGTCCTCTTTATTAAGGTTGTCGTGGGTCTCTGGGTTCTCTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTGACCTTGTTCTACATAGgtaattattttggtacaacaactgt--acaagttaccacatttagcactgttac-caactacagttttctttcttgcag

upper sequence: GRMZM2G004349_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g45050.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GTGATTGCAGGACTGTGGATCCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttgttcgttaacattctttgatgcattaagaagcgttaatgtgttactcagttatggttttttgtgcag---
||  | |  || || ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||| || |     ||||    |  |    |||  |    |     |||||| ||  ||  ||||| | |   |   
GTTGTCGTGGGTCTCTGGGTTCTCTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTGACCTTGTTCTACATAGgtaattattttggtacaacaactgt--acaagttaccacatttagcactgttac-caactacagttttctttcttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116813218|gb|EC855637.1|EC855637
EST:     CCTTTCTGTTC-TGGGAGCTGCTGCAA-TT-CTCACC-TGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|60338186|gb|DN205159.1|DN205159
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|32802019|gb|CD954255.1|CD954255
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|31612032|gb|CD568654.1|CD568654
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|32913134|gb|CF017946.1|CF017946
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGA
EST: gi|149026779|gb|EE046142.2|EE046142
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|78090540|gb|DV518914.1|DV518914
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|32804285|gb|CD956521.1|CD956521
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|211331407|gb|FL462820.1|FL462820
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|78115575|gb|DV533963.1|DV533963
EST:     CTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCCGGCCCTGTATGAGAAACATGAGGAT
genomic: CTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCC-TCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACC-GGTCCTGTATGAGAAACATGAGGAT
EST: gi|60338520|gb|DN205493.1|DN205493
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|21809730|gb|BQ668048.1|BQ668048
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|211335930|gb|FL468894.1|FL468894
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|93283245|gb|EB675509.1|EB675509
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|18179324|gb|BM380534.1|BM380534
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|60353228|gb|DN220201.1|DN220201
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|60399860|gb|DN232670.1|DN232670
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|78090541|gb|DV518915.1|DV518915
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|211116081|gb|FL172238.1|FL172238
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|87156428|gb|DY401217.1|DY401217
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTTCATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|9742922|gb|BE519070.1|BE519070
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|60358536|gb|DN225509.1|DN225509
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|76933462|gb|DV173470.1|DV173470
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|211246333|gb|FL449842.1|FL449842
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|149000370|gb|EE037534.2|EE037534
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCCCCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|101388885|gb|EB816424.1|EB816424
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGATGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|148931531|gb|EC874584.2|EC874584
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|9952753|gb|BE639216.1|BE639216
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|71438089|gb|DR819139.1|DR819139
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|71435537|gb|DR816587.1|DR816587
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCCGG-CCTGTATGAGAAACATGAGGAT
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACC-GGTCCTGTATGAGAAACATGAGGAT
EST: gi|32788374|gb|CD940610.1|CD940610
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGACA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|67015492|gb|CO444241.1|CO444241
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|94480543|gb|EB709501.1|EB709501
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|14203412|gb|BG837089.1|BG837089
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|71759056|gb|DR956993.1|DR956993
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|211116082|gb|FL172239.1|FL172239
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|149000371|gb|EE037535.2|EE037535
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|148965338|gb|EC906111.2|EC906111
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|71764684|gb|DR962621.1|DR962621
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|71304053|gb|DR788148.1|DR788148
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|9742682|gb|BE518830.1|BE518830
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|32796691|gb|CD948927.1|CD948927
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
EST: gi|30307150|gb|CD001823.1|CD001823
EST:     CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAG                         TTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA
genomic: CCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttg ... ttttgtgcagTTTTTATGGTACTGTACACTGTACCGGTCCTGTATGAGAAACATGAGGATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGATTGCAGGACTGTGGATCCTTTCTGTTCTTGGGAGCTGCTGCAATTTCCTCACCTTGTCTTACATAGgtgattgttgttcgttaacattctttgatgcattaagaagcgttaatgtgttactcagttatggttttttgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC