Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTTGTCAAGGTCAGGCTCCAGGCCGAGGGCAAGCTTGCGCCTGGTGTGCCACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctggcatgctcttctcccagctaaccgttcgctttctttgttttgctaccaatcaataaaattagagcttggctcttattatatgtgtgatgtgcttggctcatccttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000510_T02
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000510_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g48040.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
CCTTGTCAAGGTCAGGCTCCAGGCCGAGGGCAAGCTTGCGCCTGGTGTGCCACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctggcatgctcttctcccagctaaccgttcgctttctttgttttgctaccaatcaataaaattagagcttggctcttattatatgtgtgatgtgcttggctcatccttag
|||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |  || ||||| ||  |||| || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||      |    ||||  | ||   ||      | ||||| | | |||    ||||||      | || |  |||||  ||  ||  |   | |  | | ||  |           
CCTTGTCAAGGTTAGGCTTCAGGCGGAGGGCAAGCTGGCGCCCGGCGCCCCGCGCCGATATGCTGGGGCCATGGATGCCTATGCCAAGATTGTTAGGCAGgttgaccttc---tgcttctttcttcgc-----atgcgcttgcct-gttcca-taccaac-----acatcattgcttgcttcacatctttattatattatcctcag-----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149014447|gb|EE044057.2|EE044057
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|71332543|gb|DR803241.1|DR803241
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|78109061|gb|DV527478.1|DV527478
EST:     AGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGGTGCCGCTCTGTGGACTGGCTTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: AGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|78179369|gb|DV549742.1|DV549742
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|93281478|gb|EB673742.1|EB673742
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACGGGCCTTGGACCCAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|89249688|gb|DY621474.1|DY621474
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCCAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|31349105|gb|CD433462.1|CD433462
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|71447490|gb|DR828540.1|DR828540
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|149072257|gb|EE160513.2|EE160513
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|6827024|gb|AW330667.1|AW330667
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|93015136|gb|EB640656.1|EB640656
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|211253778|gb|FL369138.1|FL369138
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAAGGGTTGCGGCTCTGTGGACTGGCCTTGGAC-AAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|31363588|gb|CD447945.1|CD447945
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|76292715|gb|DV032283.1|DV032283
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|71437391|gb|DR818441.1|DR818441
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|12045964|gb|BF727999.1|BF727999
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|67028232|gb|CO456981.1|CO456981
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGAC-ANATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|78109062|gb|DV527479.1|DV527479
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|50333857|gb|CO528983.1|CO528983
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|76291091|gb|DV030659.1|DV030659
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|148931428|gb|EC874386.2|EC874386
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|148954532|gb|EC899968.2|EC899968
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|76911479|gb|DV164289.1|DV164289
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|88751922|gb|DY536063.1|DY536063
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|76294190|gb|DV033758.1|DV033758
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|148932353|gb|EC875981.2|EC875981
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|76281516|gb|DV021084.1|DV021084
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|22545542|gb|BU097901.1|BU097901
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|149110174|gb|EE293989.2|EE293989
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|71437614|gb|DR818664.1|DR818664
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|50324459|gb|CO519585.1|CO519585
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
EST: gi|31348998|gb|CD433355.1|CD433355
EST:     CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAG                         GAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT
genomic: CACGCCGCTACACTGGCGCAATGGATGCTTATTCCAAGATTGCTAGACAGgtctgtgctg ... tcatccttagGAAGGGGTTGCCGCTCTGTGGACTGGCCTTGGACCAAATGTAGCGCGGAAT