Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACAAGGAGTCAGATCTGTACAGGCAACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAGgttacgcatcaatctgaccatgtacttttttaccttttcttataatccaacttatgtcatagctgacagttaactgcttttgtatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G149802_T01
intron # 30
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G149802_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 30
lower sequence: LOC_Os01g64820.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 30
TACAAGGAGTCAGATCTGTACAGGCAACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAGgttacgcatcaatct-gaccatgtacttttttaccttttcttataatccaacttatgtcatagctgacagttaactgcttttgtatgtag
|| | |||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| |||||||    | || |    ||   || |||| | |  ||| || |  || ||   | |     | | |   ||| |  ||| || ||||||
TATACGGAGGCAGATCTATACAGGCAATTGTCATACTTTTGCTATGTAGTTGATGCAACTCGATGTCTTGAGAAGgttaaatgttaaccccagcctaataattttcttctcttttttcttgtctaatccaagctgatg-taaagattatc--cttctggatgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211239814|gb|FL461004.1|FL461004
EST:     AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAG                         CTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
genomic: AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAGgttacgcatc ... ttgtatgtagCTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
EST: gi|74242012|gb|DT649926.1|DT649926
EST:     AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAG                         CTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
genomic: AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAGgttacgcatc ... ttgtatgtagCTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
EST: gi|211101403|gb|FL454838.1|FL454838
EST:     AACTATCATACTTTTGCTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAG                         CTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
genomic: AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAGgttacgcatc ... ttgtatgtagCTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
EST: gi|211496413|gb|FL279203.1|FL279203
EST:     AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAG                         CTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC
genomic: AACTATCATACTTTTGTTATGTACTTGATGCAACCCGGTGTCTTGAAAAGgttacgcatc ... ttgtatgtagCTGGACCAGAAGGCAAGGCTCCCCTTCGAGAGAGAGTTTGTAGCAGTAGGC