ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataataatctccctctctttattgtgactctgcatattagcgggaatatgttatgttgctttgaaatttttatttaatatatatttcttg...

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM5G862331_T04
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM5G862331_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g52140.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataataatct-ccctctctttattgtg-actctgcatattagcgggaatatgttatgttgctttgaaatttttatttaatatatatttcttg-
|||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |    |||||| |       ||  | ||||| |  |  | | |    |  | | | |    |   |      || |   ||| | 
GAGGAGATCCTAGCGCGTCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCTCGATCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataaagacccatactctctctcacacacacgtttcatatgatggaaactgtaagctactccctcgg---tcccaaaaggaatttcactctagg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211420266|gb|FL241379.1|FL241379

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|33093650|gb|CF053644.1|CF053644

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302420|gb|FL241361.1|FL241361

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATT-CCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|71427532|gb|DR808582.1|DR808582

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|28361540|gb|CB239896.1|CB239896

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302419|gb|FL241360.1|FL241360

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302415|gb|FL241356.1|FL241356

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302417|gb|FL241358.1|FL241358

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302421|gb|FL241362.1|FL241362

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|12047207|gb|BF729346.1|BF729346

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|71419429|gb|DR804766.1|DR804766

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|26559376|gb|CA831611.1|CA831611

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420260|gb|FL241373.1|FL241373

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|113701557|gb|EE679061.1|EE679061

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGA-T-TGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420264|gb|FL241377.1|FL241377

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211422859|gb|FL241387.1|FL241387

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302413|gb|FL241354.1|FL241354

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211422855|gb|FL241383.1|FL241383

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|91051981|gb|EB162399.1|EB162399

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302411|gb|FL241352.1|FL241352

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCAT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCAT

EST: gi|28361745|gb|CB240101.1|CB240101

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|71436658|gb|DR817708.1|DR817708

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|28361810|gb|CB240166.1|CB240166

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420263|gb|FL241376.1|FL241376

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|28987157|gb|CB351492.1|CB351492

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|26557352|gb|CA829587.1|CA829587

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302422|gb|FL241363.1|FL241363

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|78180902|gb|DV551275.1|DV551275

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|9566340|gb|BE475849.1|BE475849

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTG-ACCCCAGAAGA
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGA

EST: gi|31911181|gb|CD651796.1|CD651796

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420253|gb|FL241366.1|FL241366

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302412|gb|FL241353.1|FL241353

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|28361626|gb|CB239982.1|CB239982

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302418|gb|FL241359.1|FL241359

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211300286|gb|FL241350.1|FL241350

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302414|gb|FL241355.1|FL241355

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420256|gb|FL241369.1|FL241369

EST:     AGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTG
genomic: AGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAA-Tgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTG

EST: gi|211302424|gb|FL241365.1|FL241365

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTNGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211302410|gb|FL241351.1|FL241351

EST:     CAGCTGARGCAAAGGAGCAGGTGGATGCC-GTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTTCCCAAGCTT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTT-CC-AAGCTT

EST: gi|211302416|gb|FL241357.1|FL241357

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|60355238|gb|DN222211.1|DN222211

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211422858|gb|FL241386.1|FL241386

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCA-CAGCATTT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTT

EST: gi|211422860|gb|FL241388.1|FL241388

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420254|gb|FL241367.1|FL241367

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|101392226|gb|EB818041.1|EB818041

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420261|gb|FL241374.1|FL241374

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|8577025|gb|BE129662.1|BE129662

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|93015249|gb|EB640769.1|EB640769

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|30087763|gb|CB885969.1|CB885969

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420265|gb|FL241378.1|FL241378

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211422856|gb|FL241384.1|FL241384

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|30088074|gb|CB886279.1|CB886279

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420262|gb|FL241375.1|FL241375

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420267|gb|FL241380.1|FL241380

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|74237334|gb|DT645248.1|DT645248

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211420255|gb|FL241368.1|FL241368

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|89759138|gb|DY688052.1|DY688052

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|9254701|gb|BE345169.1|BE345169

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|74234517|gb|DT642431.1|DT642431

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211422853|gb|FL241381.1|FL241381

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|211422861|gb|FL241389.1|FL241389

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|74244706|gb|DT652620.1|DT652620

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|60351779|gb|DN218752.1|DN218752

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|87156058|gb|DY400847.1|DY400847

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|71427533|gb|DR808583.1|DR808583

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|22715374|gb|BU197729.1|BU197729

EST:     CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

EST: gi|86470105|gb|DY236475.1|DY236475

EST:     AGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: AGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 312

GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGACAGCCAA

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 146

GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGACAGCCAA

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 166

GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGACAGCCAA

Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 138

GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tgtactgcagGTGGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAACAGCATTTCCAAGCTTGTGGAACTGTCAACAGGGTGACAATCTTGACTGACAAGTTTGGACAGCCAA

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGGTGACCCTAGTGCATCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCCCGTTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataataatctccctctctttattgtgactctgcatattagcgggaatatgttatgttgctttgaaatttttatttaatatatatttcttg

- - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA

Data associated with selected splice site

Sequence

Basic information

Orthologous splice sites

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

RNA-Seq data

Putative cis-regulatory sequences