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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCCCAAACGGAAGCATGAGGCTTGTTATGGTAACGGTTATTGGAGCAGTCCTTGGCTTTTTCATTGGGATTTCATTCCCTTCGGTCAGCATAACAAAGgtattaatgatagtaacctccacgtaacagcaatacctcaactaattgagcagttacttatgtctgtttcgaatacgccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G846339_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G846339_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g01760.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
ATTCCCAAACGGAAGCATGAGGCTTGTTATGGTAACGGTTATTGGAGCAGTCCTTGGCTTTTTCATTGGGATTTCATTCCCTTCGGTCAGCATAACAAAGgtat---taatgatagtaacctccacgtaacagcaatacctcaactaattg-------agcagttacttatgtctgtttcgaatacgccag
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ATTAACAAATGAAAGCATGAGGATTGTTATGGTAACAATTATTGGAGTGCTCTTGGGCTTCTTCATTGGAATTTCATTCCCATCAGTCAGCATAACAAAGgtaagtataacaatggttttgtcaacagaactgcatcatgtcaattgaccgtaagagaataacttaattatctctgtttgaattatgccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76017486|gb|DT944656.1|DT944656
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|148945518|gb|EC890763.2|EC890763
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|149004827|gb|EE039332.2|EE039332
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|76915578|gb|DV166043.1|DV166043
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|149112888|gb|EE295684.2|EE295684
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|211013669|gb|FL365579.1|FL365579
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|211367815|gb|FL346930.1|FL346930
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|211288821|gb|FL321201.1|FL321201
EST:     GCTTCCTTCSTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|211535602|gb|FL367699.1|FL367699
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|149070557|gb|EE158959.2|EE158959
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|148950258|gb|EC895810.2|EC895810
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
EST: gi|148965790|gb|EE016673.2|EE016673
EST:     GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC
genomic: GCTTCCTTCCTGTCTGCATAACAAAGCCGCCGCCATTATGATCTCCACATATGATGCTTAGCATTTGTCGCTCGCAGCTGTATTGCTCCTCTAGCTGCATCC