Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgtttattttgttttttggaaatatgttttctgttgtaacaatgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G833389_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgttta-ttttgttt---tttggaaatatgttttctgttgtaaca-atgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca
||||||||||||||||||| || || ||    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| | | | |||| | ||||| ||   || |||| |||   ||   |        ||||  |||    |    |||||| | |  |  | |             
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagct-gttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag-------------

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgtttattttgttttttggaaatatg-ttttctgt---tgtaacaatgtgatgtactga--tgtggtttcaatattg-catttgaacatgatgccca
 ||||||||| || ||||| || || ||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || || |||||   || |  |    | | |||||     || ||     ||||   ||| || |  | | ||| | |  || |||  ||     | || || |   ||||     
GGGCTCATGGTACTGCTGTAGGACTTCCAACAGAAGATGACATGGGCAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCCCTTGGGGCTGGTCGCATATTTGCTCAGGGgtaaactaaaactagcctctctttttcatctatttggccccctgtgtatgttactacct-aggtattaaattggggtcgcagggccgtcaattta--gtgata----

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga-------tgtttattttgttt-tttggaaatatgttttctgttgtaacaatgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca
 ||||||||| || ||||| ||||| ||| | || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || || |||||   || |       | | | |||  | | |||||    ||| ||    |  || ||| ||  |  | ||  || |  |   | | | ||||    ||        
GGGCTCATGGTACCGCTGTAGGCCTTCCAACAGAAGATGACATGGGTAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCTCTTGGGGCTGGTCGCATATTTGCTCAGGGgtaaactaaaactagcctctctttttcatctatttggccccatgcttatgttactaccaaggttttaaattgtggtcgcatggctgtcg-atttagggata-------

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgt--atgttagatgtttattttgttttttggaaatatgttttctgttgtaacaatgtgatgtact---gatgtggtttca-atattgcatttgaacatgatgccca
|||||||||| |  || || || || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |  || |||||||  || |    |  | ||||| ||| ||  |   |  ||||   |  ||  |   | ||  ||    |||||   |||| |  ||  |||      |||      
AGGCTCATGGGAGTGCAGTAGGGCTTCCAACTGAGGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGCCATAATGCTCTTGGTGCTGGACGCATATATGCTCAAGGgtgaatttctcttcctgattttatttcttttatgaaatttttacatattataacctttatacacccaggatgtcccttcacaagtttgattcctttttga------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330938|gb|DR802276.1|DR802276
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33102738|gb|CF062698.1|CF062698
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135945|gb|FK961385.1|FK961385
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136895|gb|FK961399.1|FK961399
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAA-GCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGG-A
EST: gi|211136889|gb|FK961393.1|FK961393
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135008|gb|FK961373.1|FK961373
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGT-CTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211137829|gb|FK961411.1|FK961411
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211533692|gb|FL186346.1|FL186346
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135007|gb|FK961372.1|FK961372
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGAYGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135946|gb|FK961386.1|FK961386
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135939|gb|FK961379.1|FK961379
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTNTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135943|gb|FK961383.1|FK961383
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTT-TGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135941|gb|FK961381.1|FK961381
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAAGATTTATGATGGAG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAA-GATTTATGATGGAG
EST: gi|148961947|gb|EE012741.2|EE012741
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136902|gb|FK961406.1|FK961406
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211137828|gb|FK961410.1|FK961410
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136891|gb|FK961395.1|FK961395
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211134061|gb|FK961356.1|FK961356
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211134998|gb|FK961363.1|FK961363
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135009|gb|FK961374.1|FK961374
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGCAG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGG-AG
EST: gi|211135942|gb|FK961382.1|FK961382
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|6526987|gb|AW216215.1|AW216215
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135004|gb|FK961369.1|FK961369
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211207538|gb|FL070014.1|FL070014
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136898|gb|FK961402.1|FK961402
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33102595|gb|CF062555.1|CF062555
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136890|gb|FK961394.1|FK961394
EST:     AGTGAAGTTG-TCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33103838|gb|CF063798.1|CF063798
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCCCTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135000|gb|FK961365.1|FK961365
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211533691|gb|FL186345.1|FL186345
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135012|gb|FK961377.1|FK961377
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGAT
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGAT