Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgtttattttgttttttggaaatatgttttctgttgtaacaatgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G833389_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g60190.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgttta-ttttgttt---tttggaaatatgttttctgttgtaaca-atgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca
||||||||||||||||||| || || ||    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||| | | | |||| | ||||| ||   || |||| |||   ||   |        ||||  |||    |    |||||| | |  |  | |             
AGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTCTTCCTAGCGAAGATGACATGGGCAACAGCGAAGTGGGTCACAATGCTCTTGGTGCTGGTCGCATTTTTGCTCAGGGgtaagct-gttgttgagttttgattcatttgggaactataggttggatcactctgcatgttttgtgacaagcgtgtttcattctcactgtag-------------

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G45120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttagatgtttattttgttttttggaaatatg-ttttctgt---tgtaacaatgtgatgtactga--tgtggtttcaatattg-catttgaacatgatgccca
 ||||||||| || ||||| || || ||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || || |||||   || |  |    | | |||||     || ||     ||||   ||| || |  | | ||| | |  || |||  ||     | || || |   ||||     
GGGCTCATGGTACTGCTGTAGGACTTCCAACAGAAGATGACATGGGCAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCCCTTGGGGCTGGTCGCATATTTGCTCAGGGgtaaactaaaactagcctctctttttcatctatttggccccctgtgtatgttactacct-aggtattaaattggggtcgcagggccgtcaattta--gtgata----

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga-------tgtttattttgttt-tttggaaatatgttttctgttgtaacaatgtgatgtactgatgtggtttcaatattgcatttgaacatgatgccca
 ||||||||| || ||||| ||||| ||| | || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || || |||||   || |       | | | |||  | | |||||    ||| ||    |  || ||| ||  |  | ||  || |  |   | | | ||||    ||        
GGGCTCATGGTACCGCTGTAGGCCTTCCAACAGAAGATGACATGGGTAATAGTGAAGTTGGTCACAATGCTCTTGGGGCTGGTCGCATATTTGCTCAGGGgtaaactaaaactagcctctctttttcatctatttggccccatgcttatgttactaccaaggttttaaattgtggtcgcatggctgtcg-atttagggata-------

upper sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgt--atgttagatgtttattttgttttttggaaatatgttttctgttgtaacaatgtgatgtact---gatgtggtttca-atattgcatttgaacatgatgccca
|||||||||| |  || || || || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |  || |||||||  || |    |  | ||||| ||| ||  |   |  ||||   |  ||  |   | ||  ||    |||||   |||| |  ||  |||      |||      
AGGCTCATGGGAGTGCAGTAGGGCTTCCAACTGAGGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGCCATAATGCTCTTGGTGCTGGACGCATATATGCTCAAGGgtgaatttctcttcctgattttatttcttttatgaaatttttacatattataacctttatacacccaggatgtcccttcacaagtttgattcctttttga------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211135945|gb|FK961385.1|FK961385
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136895|gb|FK961399.1|FK961399
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAA-GCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGG-A
EST: gi|211136889|gb|FK961393.1|FK961393
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135008|gb|FK961373.1|FK961373
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGT-CTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211137829|gb|FK961411.1|FK961411
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211533692|gb|FL186346.1|FL186346
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135007|gb|FK961372.1|FK961372
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGAYGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135946|gb|FK961386.1|FK961386
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135939|gb|FK961379.1|FK961379
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTNTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135943|gb|FK961383.1|FK961383
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTT-TGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135941|gb|FK961381.1|FK961381
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAAGATTTATGATGGAG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAA-GATTTATGATGGAG
EST: gi|211136902|gb|FK961406.1|FK961406
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211137828|gb|FK961410.1|FK961410
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136891|gb|FK961395.1|FK961395
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211134061|gb|FK961356.1|FK961356
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211134998|gb|FK961363.1|FK961363
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135009|gb|FK961374.1|FK961374
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGCAG
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGG-AG
EST: gi|211135942|gb|FK961382.1|FK961382
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|148961947|gb|EE012741.2|EE012741
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135951|gb|FK961391.1|FK961391
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135004|gb|FK961369.1|FK961369
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211207538|gb|FL070014.1|FL070014
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136898|gb|FK961402.1|FK961402
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211136890|gb|FK961394.1|FK961394
EST:     AGTGAAGTTG-TCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|33103838|gb|CF063798.1|CF063798
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCCCTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135000|gb|FK961365.1|FK961365
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211533691|gb|FL186345.1|FL186345
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGA
EST: gi|211135012|gb|FK961377.1|FK961377
EST:     AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGG                         TGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGAT
genomic: AGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 363

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 954

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 963

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 659

AGGCTCATGGAACAGCTGTGGGCCTCCCATCTGATGATGACATGGGCAACAGTGAAGTTGGTCACAATGCACTTGGTGCTGGTCGAATTTTCGCCCAAGGgtatgttaga ... ctaactatagTGCTAAGCTTGTCGATCAAGCTCTTGCCTCCGGAAAGATTTATGATGGAGATGGGTTCAACTACATCAAAGAATCTTTTGAAAGTGGTACTCTTCACCTT