Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGTGCAAGTGGCCATAAGTCTATGTTGGATCAGAAATGTGATTTATCAGAGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagctggggctaatgcccgtttacatcttcaataaaattgttgtatacttgtgtgcttaatttattgttgtttctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G480607_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211174473|gb|FL037929.1|FL037929
EST:     AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAG                         ATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
genomic: AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagct ... gtttctgcagATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
EST: gi|211096511|gb|FL457291.1|FL457291
EST:     AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAG                         ATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
genomic: AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagct ... gtttctgcagATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
EST: gi|28987432|gb|CB351631.1|CB351631
EST:     AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAG                         ATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
genomic: AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagct ... gtttctgcagATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
EST: gi|67016374|gb|CO445123.1|CO445123
EST:     AGTTGTGTTCTCAGATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAG                         ATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
genomic: AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagct ... gtttctgcagATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
EST: gi|211174474|gb|FL037930.1|FL037930
EST:     AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACCAG                         ATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT
genomic: AGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagct ... gtttctgcagATAAATGTGAGGTATAAGCTTGTTTCCGGCTCTCCTTCTGGTGTTGTAGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGTGCAAGTGGCCATAAGTCTATGTTGGATCAGAAATGTGATTTATCAGAGTTGTGTTCTCAAATGTTGAAGAAAATTGATGTGTATGACATAGACAAGgtttggagctggggctaatgcccgtttacatcttcaataaaattgttgtatacttgtgtgcttaatttattgttgtttctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA