ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaagatttgacattagcttattttagtacctgctatctttcagttattctaagtgctaatatgtgtgcataaatag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G382914_T04
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G382914_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g07260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaagatttgacattagcttatt-ttagtacctgctatctttcagttattcta-agtgctaatat---------------gtgtgcataaatag
|| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |     ||| |   | | |   ||| |   || |||  || |  ||  | | ||  ||  |||               ||||||||||||||
GGCCGTCCGAAGGGTGTCACCCCCAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTACTTGGAGTCGATgtatgccattggatgatagctgttaacagttaatttttgttattgttgaactagacaacagctcttgtattcctctgatctatttgtgtgcataaatag

upper sequence: GRMZM2G382914_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G79550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2

GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaagatttgacat-tagcttattttagtacctg----ctatctttcagttattctaagtgctaa-tatgtgtgcataaatag
|| || ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||| || ||||| ||||| || || |    ||   | | |||  |      ||  |||     || |||| |      |   || || | | ||| ||  | |||||
GGCCGCCCAAAAGGTGTTACTCCTAAGTACAGCTTAAAGCCTCTTGTGCCCAGATTGTCTGAACTTCTTGGTGTTGAGgtttgttcctcttcctcttctagacttgcaaggtttctgaacattagcttttaaaagaacactgttctcactctgtttgtgttaatag

upper sequence: GRMZM2G382914_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv19s0085g00370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2

GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaagatt-tgacattagcttattttagtacctgctatct--ttcagttattctaagtg--ctaatatgtgtgcataaatag--------------
|| || ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||| || ||||||||||| || || | |     | | |||    |  ||| ||   |   | ||  ||  | |    | | ||  || |  ||  ||  |   | |              
GGGCGCCCAAAGGGTGTTACACCTAAGTACAGCTTGAAACCTCTTGTGCCAAGGCTGTCTGAACTTCTTGGAGTTGAGgtttgtttattccctaatatttctgttgttttgttattcaaacctgatttggctggcatgaatgtactcacttggatgacttttttgtttgcctttactag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|15177493|gb|BI398432.1|BI398432

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|148937378|gb|EC881559.2|EC881559

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|211458748|gb|FL050184.1|FL050184

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|67017421|gb|CO446170.1|CO446170

EST:     CAGCTTGTTGCCTCTTGTTCC-CGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: CAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|148934221|gb|EC878242.2|EC878242

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|67031860|gb|CO460609.1|CO460609

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|67015745|gb|CO444494.1|CO444494

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|148947626|gb|EC893106.2|EC893106

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|18655175|gb|BM499980.1|BM499980

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31909251|gb|CD650825.1|CD650825

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|149089819|gb|EE179096.2|EE179096

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|148961193|gb|EE011908.2|EE011908

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|149089095|gb|EE178268.2|EE178268

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|29945078|gb|CB815458.1|CB815458

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|211463797|gb|FL050216.1|FL050216

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|149096538|gb|EE182286.2|EE182286

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|211471385|gb|FL050258.1|FL050258

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTYTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|22935592|gb|BU571867.1|BU571867

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|67012385|gb|CO441134.1|CO441134

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|67014158|gb|CO442907.1|CO442907

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|60396216|gb|DN229085.1|DN229085

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|213178070|gb|FM190971.1|FM190971

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|78109940|gb|DV528355.1|DV528355

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|211466338|gb|FL050238.1|FL050238

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31349922|gb|CD434279.1|CD434279

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|211471398|gb|FL050271.1|FL050271

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|109179056|gb|EC379786.1|EC379786

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTCGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|78026883|gb|DV495270.1|DV495270

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|67031113|gb|CO459862.1|CO459862

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|22715290|gb|BU197684.1|BU197684

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|5342995|gb|AI795300.1|AI795300

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|60359146|gb|DN226119.1|DN226119

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31356119|gb|CD440476.1|CD440476

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31352972|gb|CD437329.1|CD437329

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|71762961|gb|DR960898.1|DR960898

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|108953205|gb|EC364637.1|EC364637

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAACTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|211458756|gb|FL050192.1|FL050192

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|6626452|gb|AW257984.1|AW257984

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTG
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTG

EST: gi|67032286|gb|CO461035.1|CO461035

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31356342|gb|CD440699.1|CD440699

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|4730492|gb|AI649658.1|AI649658

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|213170620|gb|FM193204.1|FM193204

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|71316996|gb|DR795183.1|DR795183

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|4776084|gb|AI665087.1|AI665087

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|149111078|gb|EE294575.2|EE294575

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|213179338|gb|FM194686.1|FM194686

EST:     CCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: CCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|18662174|gb|BM501784.1|BM501784

EST:     TGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCG-GATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: TGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|148933205|gb|EC876853.2|EC876853

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|29544513|gb|CB604893.1|CB604893

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31356173|gb|CD440530.1|CD440530

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|21390091|gb|BQ528140.1|BQ528140

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31355954|gb|CD440311.1|CD440311

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

EST: gi|31351413|gb|CD435770.1|CD435770

EST:     ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAA                         GTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTTGAGAAGTTGGCTGCC
genomic: ACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 856

GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaag ... gcataaatagGTCGTGATGGCCAATGATTGCATTGGTGAGGAAGTCGAGAAGTTGGCTGCCGCTTTGCCAGAAGGTGGAGTTCTGCTCCTAGAGAATGTTAGATTCTACA

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1286

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 700

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 995

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTCGTCCAAAAGGTGTCACCCCAAAGTACAGCTTGAAGCCTCTTGTTCCACGCTTGTCTGAGCTCCTTGGAGTTGAAgtatgctaagatttgacattagcttattttagtacctgctatctttcagttattctaagtgctaatatgtgtgcataaatag

- - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG