Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCGAAATGCATGCATTGGAGCGCAAGTTCAAGGAGCTTAGTGATGATCAATGTTCTTATGACAAGACTCTGATTTCTTTGAATAAACTGTGGAATCAGgttccttcctttgcgtctgatatgaaaatttctgtatggaccttttccactccaacatgtttctcattatggctatgtatattatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G341271_T03
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G341271_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g41590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GTCCGAAATGCATGCATTGGAGCGCAAGTTCAAGGAGCTTAGTGATGATCAATGTTCTTATGACAAGACTCTGATTTCTTTGAATAAACTGTGGAATCAGgttccttcctttgcgtctgatatgaa---aatttctgt---atggacctttt---ccactccaacatgtttctcattatggctatgtatattatag
|||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||  | | |||   |   || |||| |   ||| |  ||||   ||| | ||| |||||||| ||      | |||  |||||||
GTCCAAAATGCGTGCATTGGAAGGCAAGTTCAAGGAGCTGAGGGATGAGCAATGTTCTTACGACAATACATTGATTTGTTTGAATAAAATGTGGAATCAGgttcattcatctgtctttcatactgatgtaaattctattcgatgcatttttttttccagttcaatatgtttctgat-gcacttctgtgaattatag