Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCGAAATGCATGCATTGGAGCGCAAGTTCAAGGAGCTTAGTGATGATCAATGTTCTTATGACAAGACTCTGATTTCTTTGAATAAACTGTGGAATCAGgttccttcctttgcgtctgatatgaaaatttctgtatggaccttttccactccaacatgtttctcattatggctatgtatattatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G341271_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G341271_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g41590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GTCCGAAATGCATGCATTGGAGCGCAAGTTCAAGGAGCTTAGTGATGATCAATGTTCTTATGACAAGACTCTGATTTCTTTGAATAAACTGTGGAATCAGgttccttcctttgcgtctgatatgaa---aatttctgt---atggacctttt---ccactccaacatgtttctcattatggctatgtatattatag
|||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| | || | | ||| | || |||| | ||| | |||| ||| | ||| |||||||| || | ||| |||||||
GTCCAAAATGCGTGCATTGGAAGGCAAGTTCAAGGAGCTGAGGGATGAGCAATGTTCTTACGACAATACATTGATTTGTTTGAATAAAATGTGGAATCAGgttcattcatctgtctttcatactgatgtaaattctattcgatgcatttttttttccagttcaatatgtttctgat-gcacttctgtgaattatag