Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctagtcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G178415_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g58040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctag---tcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata
 || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  | ||||| |   ||  | |||| |   |||  ||||   |||||||| ||||||| | |  | |||||  |||  |||||||||||| ||||| 
TCCGAAAGATGATGGGACTTTAGCATCTTATGTTGGGTTTAGGGTCCAACACGACAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtgagaatttttgttgattggttgatgtgttcttcataatactagcaatcagcatt-gattcttgctatgcttttgct-acactaaaatggtccttcagcat-

upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G07940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattc----ttttgttatctgtaacgctagtcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata
||| |||||||||||||  |||||  | | ||||||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||| || || ||||||||||| | |||||| |   | |||  ||    |        |  || || | |     ||   ||  ||| | |  |  |||    |     | |||    |||  ||| || |  
CCCCAAAGATGATGGAAGCTTGGCCACTTTTGTTGGATTCAGAGTTCAACATGATAATGCCAGAGGCCCCATGAAAGGAGGGATCAGATACCATCCTGAGgttattta-tattctgacttacaaaaaactcagtgatttatctgttta--taggttttaagttctatcac----tcaatcatatgtctttgg--cttgagtag-

upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G26940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctagtcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata-----
||| ||||||||||| |  |||||  | | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || ||||| || || ||||||||||| | |||||| ||    ||| ||    | |||            ||  | |   || |  |  | |     ||||   | ||  | | ||   |  | |||   | ||     
CCCCAAAGATGATGGCAGCTTGGCCACTTTTGTTGGATTCAGGATTCAACATGATAATGCTAGAGGCCCCATGAAAGGAGGGATCAGATACCATCCTGAGgttagt---tatattctgactttcaaaaacctcagttactgatcaacaactctaaactgaaaacacaaactagct-ata-gattttttttcttccccttagatgg

upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA19G28770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctagtcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata-
 || ||||||||||| || |||  ||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||||||||| | |||||| | ||   |  ||  || |||  ||   ||          ||   |   ||    |     ||  | ||        |||| |  ||  |  ||||   
ACCTAAAGATGATGGCACGTTGCAATCTTATGTTGGGTTCAGGGTTCAACATGATAATGCCAGAGGCCCCATGAAAGGAGGAATCAGATACCATCCTGAGgttaacactaaaatttttcaatttattaactactcaaggttttacctatggttgtgatagagacatgcattcttttgattgaaga-agtagtccagcactg

upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA16G04560.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttg-ttatctgtaacgctagtcagcatttg-attctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata
 || ||||||||||| || |||  ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||||||||| | |||||| | ||   |      | || | |  |  |||          |  ||     |||   |     ||  | ||        |||| |  ||  |  ||||  
ACCTAAAGATGATGGCACCTTGCAATCTTATGTAGGGTTCAGGGTTCAACATGATAATGCCAGAGGCCCCATGAAAGGAGGAATCAGATACCATCCTGAGgttaacactaaaaaaatttcaatttactaattactcaaggtttttatctatggttgtggtaaagacatgcattcttttgattgaaca-agtagtccagcac-

upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT3G03910.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctagtcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata
 |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||| || |||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||||||||| || |  |||||       | | || |||  || |||| | |||   ||  | |  ||  | || | | ||  ||     |   | | ||     |  ||   |      
ACCAAAAGACGATGGAACTCTAGCATCCTTTGTTGGATTCAGAGTTCAACACGACAATGCAAGAGGTCCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCATCCAGAGgtt------tgttttactctgtttttttttcatc---aaaccaaaaca--aattcaatattggcatgaagtaaaccagatttcggtaatcgacag-----

upper sequence: GRMZM2G178415_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0007g07400.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaa---gcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctagtcagcatt-tgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata
 || ||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| || |||||||||||||  |||||      ||   | |   ||  | ||||||   |   |  |    | |    ||| | || ||        | ||   || || ||| |   |||| |     
ACCCAAAGACGATGGTACTTTGGCATCATTTGTTGGATTCAGGGTTCAACATGACAATGCTAGAGGCCCCATGAAGGGAGGGATCAGATACCACCCAGAGgttgtttacactcaagcatctgaaatcttttaaaaagagggaaaacaatagttattctcatgctcggactgaccttttagatat-aaactataccttgatt---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148981458|gb|EE027657.2|EE027657
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|86466439|gb|DY232809.1|DY232809
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|149082772|gb|EE171995.2|EE171995
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|60354014|gb|DN220987.1|DN220987
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|87152935|gb|DY397724.1|DY397724
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|71766899|gb|DR964836.1|DR964836
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|22935999|gb|BU572274.1|BU572274
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|149072180|gb|EE160421.2|EE160421
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|50325462|gb|CO520588.1|CO520588
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|148940231|gb|EC885000.2|EC885000
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|17921570|gb|BM259221.1|BM259221
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|148931517|gb|EC874558.2|EC874558
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTCGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|20299950|gb|BQ162893.1|BQ162893
EST:     GGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: GGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|78092010|gb|DV520384.1|DV520384
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|78089717|gb|DV518091.1|DV518091
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|91867926|gb|EB399854.1|EB399854
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|149101283|gb|EE187396.2|EE187396
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|22491555|gb|BU051478.1|BU051478
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|87156586|gb|DY401375.1|DY401375
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|149110227|gb|EE190296.2|EE190296
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|19351039|gb|BM895571.1|BM895571
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
EST: gi|26559718|gb|CA831953.1|CA831953
EST:     ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAG                         GTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA
genomic: ATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaat ... gacaacccagGTTGATCCTGATGAAGTTAATGCCTTGGCACAATTGATGACTTGGAAAACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCAAAAGATGATGGAACTTTGGCATCCTATGTTGGATTTAGGGTTCAACATGATAATGCTAGGGGACCTATGAAGGGTGGAATCAGATACCACCATGAGgtaagcaaatatgttgctccattcttttgttatctgtaacgctagtcagcatttgattctttccacacctttgccgacatgaaaatggtccttaagcata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA