ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

CGGTTGCCGAAGTAAAGTAGACAAGGAGAAGTTGACATCTGGAACTCGTGTTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgtttatcagccattttatgtgttcatctattattagttttttctgttggagaacaaatgtattttgatgatgtggaatgaaaatcctttag

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G171604_T01
intron #	3
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G171604_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g10640.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3

CGGTTGCCGAAGTAAAGTAGACAAGGAGAAGTTGACATCTGGAACTCGTGTTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttg---tttatcagccattttatgtgttcatc----tattatt-----agttttttctgttggagaa-------caaatgtattttgatgatgtggaa--tgaaaatcctttag------------
 |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||    ||||  |  ||| ||   | |||||      ||| ||     |  |||| |||| |||| |        |||   |  | |||||| ||| |  | ||| | ||||              
TGGTTGCCGGAGCAAAGTGGACAAGGAGAAATTGACTTCGGGAACTCGTGTTGTTCTTGACATGACAACACTGACAATCATGCGCACACTTCCACGTGAGgtatatttagtttttaaaaatcatcttcctttttcattggagcatttttgtcgaaccttttactgtaggagcaatttttttaaacaaaaatcgatgatctgggatttaaaactgcttttttccccccttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211213805|gb|FL354215.1|FL354215

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGT

EST: gi|31356451|gb|CD440808.1|CD440808

EST:     TAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GGGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|485586|gb|T18656.1|T18656

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGGAAATGTCAG
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGG-AAATGTCAG

EST: gi|149076338|gb|EE164954.2|EE164954

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|21760157|gb|BQ635698.1|BQ635698

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148999624|gb|EE036609.2|EE036609

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|149111231|gb|EE294729.2|EE294729

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211365432|gb|FL362341.1|FL362341

EST:     TGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTNCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAG
genomic: TGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTT-CCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAG

EST: gi|211064808|gb|FL351653.1|FL351653

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|87157334|gb|DY402123.1|DY402123

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|28910242|gb|CB331341.1|CB331341

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211472283|gb|FL320091.1|FL320091

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAA
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAA

EST: gi|211150843|gb|FL322002.1|FL322002

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAR                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGA
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGA

EST: gi|149081781|gb|EE170935.2|EE170935

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGGCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|26559696|gb|CA831931.1|CA831931

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148936301|gb|EC880384.2|EC880384

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211465038|gb|FL331926.1|FL331926

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211439881|gb|FL309181.1|FL309181

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTTCATGAAGATCCAGGAAATGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTT-CATGAAGATCCAGGAAATGT

EST: gi|211139132|gb|FL349875.1|FL349875

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211337754|gb|FL341964.1|FL341964

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATAT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATAT

EST: gi|21843335|gb|BQ703916.1|BQ703916

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|93284400|gb|EB676664.1|EB676664

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211203006|gb|FL329083.1|FL329083

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|6020923|gb|AW065851.1|AW065851

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211342590|gb|FL343872.1|FL343872

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|149080389|gb|EE169410.2|EE169410

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148959843|gb|EE153075.2|EE153075

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148953590|gb|EC898944.2|EC898944

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211500957|gb|FL349225.1|FL349225

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|22935727|gb|BU572002.1|BU572002

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148967099|gb|EE018270.2|EE018270

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211390789|gb|FL311859.1|FL311859

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211021609|gb|FL356213.1|FL356213

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211351952|gb|FL331043.1|FL331043

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAG
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAG

EST: gi|148942358|gb|EC887376.2|EC887376

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211540112|gb|FL312487.1|FL312487

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|20803091|gb|BQ294141.1|BQ294141

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211280124|gb|FL354645.1|FL354645

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211524951|gb|FL309212.1|FL309212

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|31358883|gb|CD443240.1|CD443240

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211369961|gb|FL325625.1|FL325625

EST:     TGGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGA
genomic: TG-TACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGA

EST: gi|148931017|gb|EC873580.2|EC873580

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211528496|gb|FL328398.1|FL328398

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|19822294|gb|BQ048318.1|BQ048318

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGT

EST: gi|29543670|gb|CB604050.1|CB604050

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211286547|gb|FL312258.1|FL312258

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|67033051|gb|CO461800.1|CO461800

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148979144|gb|EE026532.2|EE026532

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211112198|gb|FL307984.1|FL307984

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211043933|gb|FL341754.1|FL341754

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211520277|gb|FL356683.1|FL356683

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|67024916|gb|CO453665.1|CO453665

EST:     TTGTACTTGACATGTTGACCCTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|148964792|gb|EC906040.2|EC906040

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211295364|gb|FL325953.1|FL325953

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATG
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATG

EST: gi|26457506|gb|CA829089.1|CA829089

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|149112655|gb|EE191390.2|EE191390

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211100591|gb|FL309393.1|FL309393

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|149100597|gb|EE186683.2|EE186683

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211260752|gb|FL356971.1|FL356971

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|211213471|gb|FL339252.1|FL339252

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAA                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAG
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTT-CATGAAGATCCAGGAAATGTCAG

EST: gi|149009942|gb|EE041784.2|EE041784

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

EST: gi|511349|gb|T23327.1|T23327

EST:     TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAG                         GTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT
genomic: TTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 404

CGGTTGCCGAAGTAAAGTAGACAAGGAGAAGTTGACATCTGGAACTCGTGTTGTACTTGACATGACGACCTTGACAATAATGCGCACTCTTCCACGGGAGgtatgtttgt ... aatcctttagGTGGATCCAGTGGTATATAACATGCTTCATGAAGATCCAGGAAATGTCAGTTACTCTGCTGTAGGCGGTTTGTCTGATCAGATTAGGGAGCTCAGGGAGT

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 330

Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 259