Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTGTGACCTGTATTGCGACGGTGGAATGGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcctttcactagcctcagccctctatgatctcttggttacactctcaacaaattaatttgattatttctataacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G171410_T04
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G171410_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g54000.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GTCTGTGACCTGTATTGCGACGGTGGAATGGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcctttcactagcctcagcc-ctctatgatctc-ttggtta--cactctcaacaaatt----aatttgattatttctataacag
||||||||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||| | ||||| ||  |||| ||||||||||| || |||||| |   |  ||||||||| |||| ||| ||| |  | |||  ||  |  |||    || ||    ||  |  |  |||||| || ||
GTCTGTGACCTGTATTGTGATGGTGGGGTTGATACAGACAAGTGGGGCGATGCACAAATTGGTCACTACATAGGGATTGgtaggataattcacactagcctaagcctctccatggttacattgtctagtctgtcttgttaatttgacgaacatactactttctacaatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76931330|gb|DV172702.1|DV172702
EST:     GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCG                         ATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
genomic: GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcc ... tctataacagATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
EST: gi|71312235|gb|DR792640.1|DR792640
EST:     GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCG                         ATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
genomic: GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcc ... tctataacagATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
EST: gi|78107715|gb|DV526133.1|DV526133
EST:     GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCG                         ATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
genomic: GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcc ... tctataacagATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
EST: gi|78106459|gb|DV524877.1|DV524877
EST:     GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCG                         ATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
genomic: GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcc ... tctataacagATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
EST: gi|74232064|gb|DT639978.1|DT639978
EST:     GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCG                         ATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA
genomic: GGATACAGACAAGTGGTGTGATGCCCAGGTTGGCCACTACATAGGCATCGgtaggctgcc ... tctataacagATGCCTCTGCATCGGGTGTCAACTATGCCCGTGAGCTATGGGAGAACAGGA