1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
ATTGAGGACCTGTTCAGGTATAACAGTTCACGCAAAGATCTAACACTTGTGTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttacattgtcttctcgtctttcttttatggtttgccttgtgaatgatgtggttgatccttatgataattctaacttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G169326_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|76934012|gb|DV173687.1|DV173687
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|91871514|gb|EB401471.1|EB401471
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|71772404|gb|DR970339.1|DR970339
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCCTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|76293607|gb|DV033175.1|DV033175
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|71434891|gb|DR815941.1|DR815941
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|71445188|gb|DR826238.1|DR826238
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|78090347|gb|DV518721.1|DV518721
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|71774549|gb|DR972427.1|DR972427
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATTEST: gi|32794519|gb|CD946755.1|CD946755
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTAAATATGCAGCAAGCATATCAAATT
EST: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAG CTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTA
genomic: GTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttaca ... taacttgcagCTTCATCACTGGTTCGAGAAGTGGTTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTGAGGACCTGTTCAGGTATAACAGTTCACGCAAAGATCTAACACTTGTGTATATATTGACGTTGGGTGTGGTGGATGGCTACAGAAACCTTGGGATAGgttagttacattgtcttctcgtctttcttttatggtttgccttgtgaatgatgtggttgatccttatgataattctaacttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA