Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATGACGGGATCATCCTTCGCAACCATATCTCACGGATCCTTCGGCGCCACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatatattctgaagcacatcaatgtttagctcaagctttcaggctattactggtcctgattatgtcgttttgttttcctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G168681_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G168681_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os05g46580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GAATGACGGGATCATCCTTCGCAACCATATCTCACGGATCCTTCGGCGCCACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatatattctgaagcacatcaatgtttagctcaagctttcaggctattactggtcctg-----attatgtcgttttgttttcctag
 ||||| || || |||||||||||||||||| | || || ||||||| ||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||   ||||  | | ||||    | |||||||   |||  ||||| |      | ||| | |||||| ||||||||
CAATGATGGAATTATCCTTCGCAACCATATCACGCGAATGCTTCGGCTCCACTTTAGAGGAAAACTTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTATTCAATGAGgtaattttacattctgatctacatacacggttagtctgaactttcagatcattg-tggtcttactgctactatcttgttttgctttcctag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67011082|gb|CO439831.1|CO439831
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|31356120|gb|CD440477.1|CD440477
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|31349560|gb|CD433917.1|CD433917
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|31356964|gb|CD441321.1|CD441321
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|31356532|gb|CD440889.1|CD440889
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|19351797|gb|BM896329.1|BM896329
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|19351126|gb|BM895658.1|BM895658
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|211405627|gb|FL391567.1|FL391567
EST:     AAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: AAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|31356011|gb|CD440368.1|CD440368
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
EST: gi|9254158|gb|BE344626.1|BE344626
EST:     ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGCTCAATGAG                         GTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT
genomic: ACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatat ... gttttcctagGTTGAGTTCAAGACAGCTTCAGGTCAGCTGCTGGACCTTATCACTACCCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAATGACGGGATCATCCTTCGCAACCATATCTCACGGATCCTTCGGCGCCACTTTAAGGGCAAACCTTACTATGCTGATCTCCTTGATTTGTTCAATGAGgtaactatatattctgaagcacatcaatgtttagctcaagctttcaggctattactggtcctgattatgtcgttttgttttcctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT