Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATGTTCTAGTCTTCGATAATGTTGAGAAGgtactattcaagaatttctgttctcgttcgtaactaactcatgatgttctctgtgtttcagagtattgtcctacagttgcagttatgattaagtattaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G161337_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G161337_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g15780.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATGTTCTAGTCTTCGATAATGTTGAGAAGgtacta----ttcaaga--atttctgtt--ctcgttcgtaactaactcatgatgttctctgtgtttcagagtattgtcctacagttgcagttatgattaagtattaat
|||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||     ||||     |||||  ||  ||| ||     |||  | ||    ||  ||| |     ||| ||| || || | |   |  |||  ||  | |||   
GAAGCTGCCCTTCTCCGGTGCTCCCCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTTCACCTTGGGCTTTATGATGATGTTCTCGTCTTCGACAATGTCGAGAAGgtgcttattcttcagtgtcatttcctttatctcattatgggctattttatttgattgcctggga---ggaggattatcatagaatca-acctatactttgg-att---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6021162|gb|AW066090.1|AW066090
EST:     GTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|211185609|gb|FL204173.1|FL204173
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|211185608|gb|FL204172.1|FL204172
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGANACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|380469195|gb|JK784390.1|JK784390
EST:     TGCACTTGGGACTCTATGATGATGTTCTAGTCTTCGATAATGTTGAGAAG                         AAAGTATATGTTATCCATTGGGTCAATGTGAACCGGCATGCATCTGTTGAG
genomic: TGCACTTGGGACTCTATGATGATGTTCTAGTCTTCGATAATGTTGAGAAGgtactattca ... gttttattagAAAGTATATGTTATCCATTGGGTCAATGTGGACCGGCATGCATCTGTTGAG
EST: gi|60401378|gb|DN234185.1|DN234185
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|32846234|gb|CD985915.1|CD985915
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|60400588|gb|DN233395.1|DN233395
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|32798334|gb|CD950570.1|CD950570
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|71447101|gb|DR828151.1|DR828151
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|5915491|gb|AW053132.1|AW053132
EST:     CTTTTCCTATGATACGGCTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: CTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|211280784|gb|FL175927.1|FL175927
EST:     TTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: TTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
EST: gi|32795466|gb|CD947702.1|CD947702
EST:     GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG
genomic: GTGGATGGGTTGGGTTCTTTTCCTATGATACGGTTAGGTATGTTGAGAAGAAGAAGCTACCGTTCTCCAGTGCTCCTCAGGACGATAGGAACCTTCCTGATGTGCACTTGGGACTCTATGATGATG