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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACTTTATTGTCCCTGAATTGGGCCCAAACACCAAGTTCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgatacactcattatatttctgttgtctcagtttaatgtgtcagcctactgtcctaatgttaatttcctacttgtgtacttgattttctgatggtta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G149751_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G149751_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g42876.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CCACTTTATTGTCCCTGAATTGGGCCCAAACACCAAGTTCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgatacactcattatatttctgttgtctcagtttaatgtgtcagcctactgtcctaatgttaatttcctacttgtgtacttgattttctgatggtta--
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CCACTTTATCGTCCCTGAACTTGGTCCCAACACCAAGTTCTCCTACTCTTCCCACAAGGCTGTGAATGAATACAAGGAGGCTAAGGCGgtaagatactaggattacatctta--cgtctctgtctggttcatgattgttttctctgcctgactacataggcgttgctaacacattcttattgtcattaat

upper sequence: GRMZM2G149751_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os12g42884.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CCACTTTATTGTCCCTGAATTGGGCCCAAACACCAAGTTCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgatacactcattatatttctgttgtctcagtttaatgtgtcagcctactgtcctaa-tgttaatttcctacttgtgtacttgattttctgatggtta
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CCACTTTATCGTCCCTGAACTTGGTCCCAACACCAAGTTCTCCTACTCTTCCCACAAGGCTGTGAATGAATACAAGGAGGCCAAGGCGgtaagataatagaattatatctttac-atctctgtctgcttaatgattttttttctctgcctgactagatgtcgctagcacattgcttaatgtcatcaata
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33101935|gb|CF061895.1|CF061895
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211004701|gb|FL002831.1|FL002831
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|148996047|gb|EE035301.2|EE035301
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|148952985|gb|EE152460.2|EE152460
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33101295|gb|CF061255.1|CF061255
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCT
EST: gi|32927822|gb|CF032634.1|CF032634
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32927851|gb|CF032663.1|CF032663
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|148944041|gb|EC889124.2|EC889124
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32847134|gb|CD986815.1|CD986815
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33101676|gb|CF061636.1|CF061636
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGT
EST: gi|211007467|gb|FL002836.1|FL002836
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|18964257|gb|BM660902.1|BM660902
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33102369|gb|CF062329.1|CF062329
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTAC
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTAC
EST: gi|32927533|gb|CF032345.1|CF032345
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33101430|gb|CF061390.1|CF061390
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCT
EST: gi|211059641|gb|FL374513.1|FL374513
EST:     GAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: GAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|5268947|gb|AI770911.1|AI770911
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGATAACGAATACAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|148935845|gb|EC879892.2|EC879892
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|149015499|gb|EE045382.2|EE045382
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211013032|gb|FL002871.1|FL002871
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32844287|gb|CD983968.1|CD983968
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGT
EST: gi|33102508|gb|CF062468.1|CF062468
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATACAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33101885|gb|CF061845.1|CF061845
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|5566808|gb|AI881674.1|AI881674
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATACAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33102419|gb|CF062379.1|CF062379
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211334938|gb|FL421998.1|FL421998
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|33102414|gb|CF062374.1|CF062374
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATACAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|149071493|gb|EE159885.2|EE159885
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|18655215|gb|BM500020.1|BM500020
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32850001|gb|CD989682.1|CD989682
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGT
EST: gi|33102239|gb|CF062199.1|CF062199
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTAC
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTAC
EST: gi|32843868|gb|CD983549.1|CD983549
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGT
EST: gi|149070803|gb|EE159213.2|EE159213
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211352896|gb|FL376487.1|FL376487
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211015811|gb|FL002884.1|FL002884
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTGAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32846085|gb|CD985766.1|CD985766
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211004696|gb|FL002826.1|FL002826
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|18964765|gb|BM661197.1|BM661197
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCT
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCT
EST: gi|32836864|gb|CD976542.1|CD976542
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|67034979|gb|CO463512.1|CO463512
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACTGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|5566975|gb|AI881886.1|AI881886
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATACAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|211013023|gb|FL002862.1|FL002862
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAAGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32927811|gb|CF032623.1|CF032623
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTC
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTC
EST: gi|33100758|gb|CF060718.1|CF060718
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
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EST: gi|211013034|gb|FL002873.1|FL002873
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32838294|gb|CD977972.1|CD977972
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
EST: gi|32927887|gb|CF032699.1|CF032699
EST:     TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCG                         CTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG
genomic: TCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgataca ... cttcttgcagCTCGGTGTTGATACCGTGCCAGTACTTGTTGGACCAGTCTCGTACCTGTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCACTTTATTGTCCCTGAATTGGGCCCAAACACCAAGTTCTCCTATGCTTCTCACAAGGCTGTTAACGAATATAAGGAGGCTAAGGCGgtatgatacactcattatatttctgttgtctcagtttaatgtgtcagcctactgtcctaatgttaatttcctacttgtgtacttgattttctgatggtta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG