1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CTTACCCCTAGCAGATCTAGTTAAATTTGTGATATTTTCGAACTTGTCAATTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgagattttttagtagctgctatattatgcgaccttgaatcgttaacatctatattcattttattcccttgctcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G147446_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|78076134|gb|DV504568.1|DV504568
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|91051991|gb|EB162409.1|EB162409
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTTTTTEST: gi|71321408|gb|DR797414.1|DR797414
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|148986808|gb|EE030604.2|EE030604
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|71426314|gb|DR807364.1|DR807364
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|93282197|gb|EB674461.1|EB674461
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|78076922|gb|DV505356.1|DV505356
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|149000630|gb|EE037833.2|EE037833
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTTEST: gi|148947730|gb|EC893211.2|EC893211
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
EST: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAG ATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
genomic: TTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgaga ... ccttgctcagATAGCAAAGCTGTGCATGATACCTGCATCATGTCTTCTGGAGGTTGTATTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTACCCCTAGCAGATCTAGTTAAATTTGTGATATTTTCGAACTTGTCAATTGTTGGGATGAATGTGAGCTTGATGTGGAACTCTGTTGGCTTTTATCAGgttggtgagattttttagtagctgctatattatgcgaccttgaatcgttaacatctatattcattttattcccttgctcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT