Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCCTCGGAATGACACGCCAATCAGCCAGAATGAGATCAGAATCACTACTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgctgtgattcaatctgggctttgttgtcacctgtcataaaaactaagcattgatgttgtcttatcagatatatctattgttgggaagtgtttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G146472_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G146472_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g06760.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GAAGCCTCGGAATGACACGCCAATCAGCCAGAATGAGATCAGAATCACTACTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgac----gtgctgtgattcaatctgggctttgttgtcacctgtcataaaaactaagcattgatgttgtcttatcagatatatctattgttgggaagtgtttg
||||||||| ||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     | || | | |     | |||| |||||| |  ||   || ||   | |||   |  || | || |   || | |  |   ||   |        
GAAGCCTCGCAATGAGACACCAATTAGTGAGAATGAGATCAGGATCACTGCACAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGTTGCTTGAGgtgaccctactactattactttcctttggctatgttgttatttgaggtagaa--catgcagcaacctt-ttttgtgccatgttttaacaattaacag-------

upper sequence: GRMZM2G146472_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g06760.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GAAGCCTCGGAATGACACGCCAATCAGCCAGAATGAGATCAGAATCACTACTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacg----tgctgtgattcaatctgggctttgttgtcacctgtcataaaaactaagcattgatgttgtct-tatca-gatatatctattgttgggaagtgtttg
||||||||| ||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     | || | | |     | |||| |||||| |  ||   || ||   | |||   |  || | | |  || | | || | |||    ||| | |    
GAAGCCTCGCAATGAGACACCAATTAGTGAGAATGAGATCAGGATCACTGCACAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGTTGCTTGAGgtgaccctactactattactttcctttggctatgttgttatttgaggtagaa--catgcagcaaccttttttgtgccatgttttaacaattaacaggacgcg----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32830032|gb|CD969710.1|CD969710
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|28930818|gb|CB334179.1|CB334179
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32829230|gb|CD968908.1|CD968908
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|22542105|gb|BU092543.1|BU092543
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32841469|gb|CD981150.1|CD981150
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32839778|gb|CD979459.1|CD979459
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|76930615|gb|DV172453.1|DV172453
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32831818|gb|CD971496.1|CD971496
EST:     CTCA-GGGA-GATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|211499004|gb|FL379821.1|FL379821
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32828756|gb|CD968434.1|CD968434
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|76918295|gb|DV167234.1|DV167234
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|31356464|gb|CD440821.1|CD440821
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|148933612|gb|EC877493.2|EC877493
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|67031337|gb|CO460086.1|CO460086
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|31363502|gb|CD447859.1|CD447859
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|31354397|gb|CD438754.1|CD438754
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|29577050|gb|CB617162.1|CB617162
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|149078577|gb|EE167361.2|EE167361
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|148939817|gb|EC884519.2|EC884519
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32829344|gb|CD969022.1|CD969022
EST:     CTCA-GGGAGGATGA-GAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32839644|gb|CD979325.1|CD979325
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|32839620|gb|CD979301.1|CD979301
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|148942045|gb|EC887040.2|EC887040
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|31364520|gb|CD448875.1|CD448875
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
EST: gi|149101884|gb|EE287439.2|EE287439
EST:     CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAG                         GAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT
genomic: CTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgct ... acttttacagGAAAATGGACATGATGAGATTAGTATCAAGGCCATGGGACGGGCCATAAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAGCCTCGGAATGACACGCCAATCAGCCAGAATGAGATCAGAATCACTACTCAGGGGAGGATGAGGAACTATATCAGCTATGGGATGTCGCTGCTTGAGgtgacgtgctgtgattcaatctgggctttgttgtcacctgtcataaaaactaagcattgatgttgtcttatcagatatatctattgttgggaagtgtttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT