Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaactctcaattggcatatcctattttgaacgtgtctagatgattagttacttgttgaagcaagttcttgctcatgctgtgtcagctgatgag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G144730_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G144730_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g42100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgag--ctaaactctcaattggcatatcctattttgaacgtgt--ctagatgattagtta-cttgttg--aagcaagttcttgctcatgctgtgtcagctgatgag------------------------
|| || ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||  || | || |||||   ||||||||  |||||  || |  ||  ||| | ||||| |||| |   | | |     ||     |   |  ||  || || |                         
TTTACTATTAAAAGAGGGGTGAGCACCAAAGACACCGTCAGTGTGAATTACGATGACTTCATAAACGATGTTGAAGTTGGGGACATACTGTTGGTGGATGgtgaggactgatctatcaatcttcatatcctgctttgattgtctttctttatgttgagttagcttgcttacaggtagacagttcagagtatggcatctacttatcattggttgtttcattgtgtgctgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71764041|gb|DR961978.1|DR961978
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|148966755|gb|EE017835.2|EE017835
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|88749445|gb|DY533586.1|DY533586
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|26456209|gb|CA827792.1|CA827792
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|148981227|gb|EE027511.2|EE027511
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|148928929|gb|EC873987.2|EC873987
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|149048881|gb|EE048381.2|EE048381
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|78075400|gb|DV503834.1|DV503834
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|20301238|gb|BQ164181.1|BQ164181
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACATTTGATACATTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
EST: gi|148958744|gb|EC905021.2|EC905021
EST:     TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATG                         GAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT
genomic: TGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 178

TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGTGTGAAGTAGTTGACGGCGGGGAATTGAAATCAAGGCGCCACCTAAATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 130

TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGTGTGAAGTAGTTGACGGCGGGGAATTGAAATCAAGGCGCCACCTAAATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 141

TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGTGTGAAGTAGTTGACGGCGGGGAATTGAAATCAAGGCGCCACCTAAATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 223

TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaa ... tgtgctacagGAGGAATGATGTCGCTTGCTGTGAAGTCTAAAACAGCTGATACAGTCAAGTGTGAAGTAGTTGACGGCGGGGAATTGAAATCAAGGCGCCACCTAAATGT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCACAATTAAAAGAGGGGTGAGCACTGAAGACACTGTCAGCGTGAACTATGATGACTTCATAAATGATGTTGAAGCTGGTGACATACTGTTAGTGGATGgtgagctaaactctcaattggcatatcctattttgaacgtgtctagatgattagttacttgttgaagcaagttcttgctcatgctgtgtcagctgatgag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA