Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactatgatgctatataaattgaatttacgaatagaagggatactcaaacgttaaatgttgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G143651_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G143651_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g57180.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
-----------------------------------TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactatgatgctatataaattgaat-ttacg----aatagaagggatactcaaacgttaaat-gttgtgcag---------------------------------------------
                                   ||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  || | ||| || |  |  | |  ||||    |||  |    ||  |     |||| ||     |  |                                              
TTCCTTTGAATTTATAACAAGAAATTTCGTGACAGTGGAATCATAGCTACGGTGTTTGGAGCTACTGGATTTCTTGGCCGCTACCTTGTCCAACAACTTGgtgagatgataaggctttagacctatagtactacgttgtaatgaataatatcttactgagttatattaccataaaaacaaagtgaaatagtatggtaactcaattatttatttctattcag

upper sequence: GRMZM2G143651_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g57180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactatgatgctatataaattgaat-ttacg----aatagaagggatactcaaacgttaaat-gttgtgcag---------------------------------------------
||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  || | ||| || |  |  | |  ||||    |||  |    ||  |     |||| ||     |  |                                              
TGGAATCATAGCTACGGTGTTTGGAGCTACTGGATTTCTTGGCCGCTACCTTGTCCAACAACTTGgtgagatgataaggctttagacctatagtactacgttgtaatgaataatatcttactgagttatattaccataaaaacaaagtgaaatagtatggtaactcaattatttatttctattcag

upper sequence: GRMZM2G143651_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0005g04440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgag---actatga-tgctatataaattgaatttacgaatag----aagggatactcaaacgttaaatgttgtgcag------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
||| ||||| ||   ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || || |||||||||   | ||| | |  | |    || ||| |  |  || |    | |  ||  |   |   || ||||  |   |                                                                                                                        
TGGCATTGTTGCTGTGGTTTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGTCGCTATGTTGTCCAGCAGCTTGgtgagtggaatataaattttgttattatggaactagcacattggcccatgttatttttgtattgtatatgtgattttgtatctgcatatttctatcgtaaacgtggggaaagttctctaattccaagcttggtggtggaaagtttttgtttctatttttctctaatacatgtttgcttgtattataattttttcccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211398059|gb|FL169341.1|FL169341
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398065|gb|FL169347.1|FL169347
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|29947686|gb|CB816784.1|CB816784
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395443|gb|FL169333.1|FL169333
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398057|gb|FL169339.1|FL169339
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|8367566|gb|BE050511.1|BE050511
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395442|gb|FL169332.1|FL169332
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGMTGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395441|gb|FL169331.1|FL169331
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTYWCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCT
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTC-CCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCT
EST: gi|211392815|gb|FL169318.1|FL169318
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|22545624|gb|BU097983.1|BU097983
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149064147|gb|EE286443.2|EE286443
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|67037324|gb|CO464172.1|CO464172
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31348826|gb|CD433183.1|CD433183
EST:     GGCGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGTTCTCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCACAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149074514|gb|EE162909.2|EE162909
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398061|gb|FL169343.1|FL169343
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|148939122|gb|EC883548.2|EC883548
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211390183|gb|FL169301.1|FL169301
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398056|gb|FL169338.1|FL169338
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|20802704|gb|BQ293754.1|BQ293754
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149086938|gb|EE176480.2|EE176480
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398063|gb|FL169345.1|FL169345
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|30087963|gb|CB886168.1|CB886168
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|78087119|gb|DV515512.1|DV515512
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|32850829|gb|CD990510.1|CD990510
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGNGTCTCAAGTGCTGGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|148977668|gb|EE026094.2|EE026094
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|21809651|gb|BQ667969.1|BQ667969
EST:     GGAGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|148963040|gb|EE013991.2|EE013991
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31350209|gb|CD434566.1|CD434566
EST:     GTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCACTATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|148931470|gb|EC874468.2|EC874468
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398062|gb|FL169344.1|FL169344
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|50322405|gb|CO517531.1|CO517531
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398070|gb|FL169352.1|FL169352
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149096347|gb|EE182072.2|EE182072
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395433|gb|FL169323.1|FL169323
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149069994|gb|EE158394.2|EE158394
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211392819|gb|FL169322.1|FL169322
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31354660|gb|CD439017.1|CD439017
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211392813|gb|FL169316.1|FL169316
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149077783|gb|EE166504.2|EE166504
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31664374|gb|CD573099.1|CD573099
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398060|gb|FL169342.1|FL169342
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31911131|gb|CD651773.1|CD651773
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|30031665|gb|CB833516.1|CB833516
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31348834|gb|CD433191.1|CD433191
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211392811|gb|FL169314.1|FL169314
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149069952|gb|EE158352.2|EE158352
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|50322403|gb|CO517529.1|CO517529
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAG
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAG
EST: gi|211395446|gb|FL169336.1|FL169336
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGATKNATTCT
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGG-ATTCT
EST: gi|211392814|gb|FL169317.1|FL169317
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGAYTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211392809|gb|FL169312.1|FL169312
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAA-AACTTG                         CCAAGATGGGGT
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGT
EST: gi|211392810|gb|FL169313.1|FL169313
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31358221|gb|CD442578.1|CD442578
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGGTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|9794698|gb|BE553006.1|BE553006
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211390188|gb|FL169306.1|FL169306
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211022386|gb|FL169353.1|FL169353
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGAGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|32805463|gb|CD957697.1|CD957697
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|60352887|gb|DN219860.1|DN219860
EST:     TTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGC-ACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: TTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211398066|gb|FL169348.1|FL169348
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211390184|gb|FL169302.1|FL169302
EST:     GGNGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGNGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149013853|gb|EE043334.2|EE043334
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149106264|gb|EE291962.2|EE291962
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395437|gb|FL169327.1|FL169327
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGT
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGT
EST: gi|211398069|gb|FL169351.1|FL169351
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|71773401|gb|DR971305.1|DR971305
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395438|gb|FL169328.1|FL169328
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTTCAGAGGTTGTGAGGATTCT
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATT-CAGAGGTTGTGAGGATTCT
EST: gi|71445608|gb|DR826658.1|DR826658
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211392806|gb|FL169309.1|FL169309
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|29577180|gb|CB617292.1|CB617292
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|149055287|gb|EE156221.2|EE156221
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211395436|gb|FL169326.1|FL169326
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|31612343|gb|CD568965.1|CD568965
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
EST: gi|211022388|gb|FL169355.1|FL169355
EST:     GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTG                         CCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC
genomic: GGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 209

TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTCCTCGCCACCTGAAGATTATGGGTGACTTGGGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 392

TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTCCTCGCCACCTGAAGATTATGGGTGACTTGGGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 280

TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTCCTCGCCACCTGAAGATTATGGGTGACTTGGGTCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 283

TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactat ... tgttgtgcagCCAAGATGGGGTCTCAAGTGCTTGTCCCATTCAGAGGTTGTGAGGATTCTCCTCGCCACCTGAAGATTATGGGTGACTTGGGTCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGAATTGTAGCCACGGTGTTTGGAGCTACTGGGTTTCTTGGGCGCTATCTTGTGCAACAACTTGgtgagactatgatgctatataaattgaatttacgaatagaagggatactcaaacgttaaatgttgtgcag

- - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - GGAGCT