Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTTTGATATTTGAATTCGTCAACAACACAGACTTCAAAGTTTTGTACCCCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattggcatccaaattatttgacacgttgtcatttatacattacattatttttcttgtggaaatagtttcaggtagtttctttcttatttggtta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G141903_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G141903_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g55389.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
CAGTTTGATATTTGAATTCGTCAACAACACAGACTTCAAAGTTTTGTACCCCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg-gcatccaaattatttgacacgttgtcatt-tatacattacattatttt-tcttgtggaaatagtttcaggtagtttctttcttatttggtta
 || ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || | ||   |  |    |  |  | | | ||| || || |  ||  | |  ||||||  |    |    |  | | | ||||||     | 
TAGCTTGATCTTTGAATATGTCAACAATACAGACTTCAAAGTGCTGTACCCCACGTTGACAGATTATGATATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcttcattgagccttcattgtcatccctatttatttactctattcagtaaaacatcctgttctgtggatctg---tagaatgatgtatctcttatagaaatt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149097662|gb|EE183562.2|EE183562
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|211373931|gb|FL391165.1|FL391165
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCAT
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCAT
EST: gi|60400467|gb|DN233274.1|DN233274
EST:     GCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: -CACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|149107621|gb|EE189503.2|EE189503
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|18964894|gb|BM661271.1|BM661271
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|31354720|gb|CD439077.1|CD439077
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|8366916|gb|BE049924.1|BE049924
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|60344732|gb|DN211705.1|DN211705
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|5846779|gb|AI999862.1|AI999862
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|5296240|gb|AI782920.1|AI782920
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|19351815|gb|BM896347.1|BM896347
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|76925599|gb|DV170500.1|DV170500
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
EST: gi|71768145|gb|DR966082.1|DR966082
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTNCA-GGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCT-CAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCC
EST: gi|32849417|gb|CD989098.1|CD989098
EST:     CCACATTGACGGATTATGACATCGGCTACTACATATATGAGCTACTCAAG                         GCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC
genomic: CCACATTGACGGATTATGACATCCGCTACTACATATATGAGCTACTCAAGgtcatgattg ... ttaattccagGCCCTTGATTACTGTCATTCTCAAGGCATCATGCATCGAGATGTCAAGCCC