Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaatcttttctgacttctgttattggatgcaccccatgtaggagaagtactattaaggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G140150_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g50620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaatcttttctgacttctgttattgg-atgcac-cccatgtaggagaagtac-tattaaggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg--------
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||     ||  || ||       ||||| | | |||||  |  ||||||   || ||  ||     |||  | | |||  |  |       ||  |          
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAGGCATGCAAATTCGCAAAAGAGCATGCTATTGCAAATGGCCCAATTgtgagta-----aactttgtcg------tgttaatagtatgcatacttatgtagcgcaattatatagatttgctactgttgaactacagtggcttaggattcacatttctt

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA02G03080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaatcttttctgacttctgttattggatgcaccccatgtaggagaagtactattaa--ggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg
|||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||| |    ||||| ||  ||||||||  |     | ||| |||   | | |  ||| ||    |   |  |    |  || |   ||  || |   |    | | |   ||    |  ||  
GTTGATGGTATGGATGTTCTTGCTGTTAAACAAGCTTGCAAATTTGCAAAGGAACATGCTTTGAAGAATGGACCCCTTgtgagt--tgattttttttactgttatgtatacttgaatttctcttctaaaaattagttattggcaattggatgtctattcatctactaaagcttgacataa

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G17240.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtac-tatgaatcttttctg-acttctgttattgga---tgcacccca--tgtaggagaagtactattaaggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg---------------
|| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||   |||| |    ||||| || ||||| ||||  | |   |||||| || |||| | ||  |  |   ||         | |||||    | || |||     ||||      |||  ||          |                
GTAGATGGCATGGATGCTCTTGCTGTGAAACAAGCTTGTAAATTTGCAAAGGAGTTTGCTTTAAAGAATGGTCCCATTgtaagtaaatttacttcttttttgtacttatatttcttaaatttgtgtttagattttaggaatgattcttttattctctgttatattacaattgatttctctatcttaattattttgtccag

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G40380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaa-tcttttctg-acttctgttatt---ggatgcaccc--catgtaggagaagtactattaaggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg---------------
|| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||   |||| |    ||||| || ||||| ||||   | |  |||  | || |||| | || ||   | ||        | | |||||    | || |||     ||||       ||  ||          |                
GTAGATGGCATGGATGCTCTTGCTGTGAAACAAGCTTGTAAATTTGCAAAGGAGTTTGCTTTGAAGAATGGTCCCATTgtaagtaaattaacctctcatttgtacttatattttttaagaatttttttagcttttaggaatgattcttttattctctgttatattataattgatttctctatcttaattattttgtccag

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA01G04470.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
----------------------GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaatctttt-ctgacttctgttattggatgcaccccatgtaggagaagtactattaag-gcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg---
                      |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||| |    ||||| |   ||||||||    | | | |||| |||   |   |  ||| ||    |   |  |    ||  | |   ||     ||||  ||| ||    |   |   | |     
AGACGAATATTACTTTGTACAGGTTGATGGCATGGATGTTCTTGCTGTTAAACAAGCTTGCAAATTTGCAAAGGAACATGCTTTGAAGAATGGACTCCTTgtgagt----taacttttttgctgttatgcatacttgaatttctcttctaaaaattaatcattggcaattagatgttatgaatcaccc-attcatctgctaaagc

upper sequence: GRMZM2G140150_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv09s0018g01940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaatct----tttctgacttctgttattggatgcaccccatgtaggagaagtactattaaggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg
|| ||||| |||||||||||||||||||| || || |||| |||||| || || |||||| |   |||||| || ||||| |||    | |  ||    ||||    || | || ||  |    ||   || |  |  | || | ||   | ||   ||           ||    | |   
GTAGATGGTATGGATGTTCTTGCTGTGAAACAGGCATGCAGATTTGCTAAGGAGCATGCTTTAAAAAATGGACCCATTgtaagtttacttatcctgctgtttccattttgtattcttaaaaattccttttgcaa-actactattgttgttgattagatcttctatcttctaattctgca---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18384669|gb|BM417868.1|BM417868
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGT
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGT
EST: gi|50330691|gb|CO525817.1|CO525817
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|149090058|gb|EE179352.2|EE179352
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACCAGG-ACCATGGCCACTCTAT
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTAC-AGGTACCATGGCCACTCTAT
EST: gi|87298771|gb|DY470774.1|DY470774
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|16746039|gb|BM032469.1|BM032469
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCA-TT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCC-CTCTATG
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATG
EST: gi|13558390|gb|BG549746.1|BG549746
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACTCATTGCCACTCTATGTCAGATCC
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTAC-CATGGCCACTCTATGTCAGATCC
EST: gi|20300013|gb|BQ162956.1|BQ162956
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|91054211|gb|EB164629.1|EB164629
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|18384628|gb|BM417827.1|BM417827
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGT
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGT
EST: gi|8401229|gb|BE056863.1|BE056863
EST:     GCAAGCGTGCAATATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: GCAAGCGTGCAA-ATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|32847853|gb|CD987534.1|CD987534
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGT
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGT
EST: gi|18384591|gb|BM417790.1|BM417790
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGT-CCATG
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATG
EST: gi|21330275|gb|BQ485656.1|BQ485656
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|18384480|gb|BM417679.1|BM417679
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCATATGT
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTC-TATGT
EST: gi|74244031|gb|DT651945.1|DT651945
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|67041913|gb|CO468168.1|CO468168
EST:     AGCA-GCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACATACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCC
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCC-
EST: gi|149008497|gb|EE040667.2|EE040667
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|18384592|gb|BM417791.1|BM417791
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTNCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCC
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGT-CCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCC
EST: gi|149008496|gb|EE040666.2|EE040666
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|91054212|gb|EB164630.1|EB164630
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|22489517|gb|BU049440.1|BU049440
EST:     AGCAAGCATGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCTAATGGACCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|211429931|gb|FL330539.1|FL330539
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|13382041|gb|BG458716.1|BG458716
EST:     AAAAGA-CATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|94478082|gb|EB707040.1|EB707040
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA
EST: gi|148955646|gb|EC901318.2|EC901318
EST:     AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATT                         GTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTTTATGTCAGATCCA
genomic: AGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 206

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 481

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 537

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 438

GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtacta ... atgtatctagGTCCTTGAGATGGATACCTACAGGTACCATGGCCACTCTATGTCAGATCCAGGAAGCACTTACCGCACCAGGGATGAGATTTCAGGTGTCAGGCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGATGGAATGGATGTTCTTGCTGTGAAGCAAGCGTGCAAATTTGCAAAAGATCATGCTGTTGCAAATGGCCCAATTgtgagtactatgaatcttttctgacttctgttattggatgcaccccatgtaggagaagtactattaaggcttgtttcgaagcaagggaaagaggggattg

- - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagggaaa