Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattcttttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G123732_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G123732_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattct-tttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcag
||||| |||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| || |||||  ||||||| |||||| |||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||| |||||| || |  |     || | || | |||||| |  |||| || |   || |||| ||| | ||  || |  |  ||  |||  |||||
GGGAAGTGGGGCCTATGGTTTCTACACAAATTGGTGCTTACTGGTGTCTATGGCCTGATTGTGTTCATGTATCACTCAAGGTGGAGAGACAGGTTACCTGgtaattggttacaatttacag----cacagttatgtttgtttaggttgtgtgtt---tgctgttccataatcagcatttttta-ttattttgttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211483660|gb|FL342584.1|FL342584
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|76291714|gb|DV031282.1|DV031282
EST:     GGGGTGATTGTTTTCATGCATCATTTCA-GATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAA-CCAGCATACTACAACTATGTAT
genomic: GGGTTGATTGTTTTCATGCATCATT-CAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTAT
EST: gi|211118164|gb|FL349423.1|FL349423
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|71323879|gb|DR798616.1|DR798616
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|211474975|gb|FL438616.1|FL438616
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTCTGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|74244183|gb|DT652097.1|DT652097
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|33092349|gb|CF052343.1|CF052343
EST:     ACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCG
genomic: ACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|93011727|gb|EB637247.1|EB637247
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|32933373|gb|CF038185.1|CF038185
EST:     TGGGTTGATTGTTTTCATACATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGCG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
EST: gi|67034439|gb|CO462989.1|CO462989
EST:     TGGGGTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAGACAGGCTGCCTG                         CAAA-CCAGCATACTACCACTATGTATGTGCGATNNGT-GCTAT-GAATGG
genomic: TGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGAT--GTTGCTATTGAATGG
EST: gi|74244184|gb|DT652098.1|DT652098
EST:     GGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTNCA-GATGGAGAAACAGGCTGCCTG                         CAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG
genomic: GGGTTGATTGTTTTCATGCATCATT-CAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggtt ... tttactgcagCAAAACCAGCATACTACAACTATGTATGTGCGATGTTGCTATTGAATGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGAAATGGGGCCTATGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTACTGGAGTTTATGGGTTGATTGTTTTCATGCATCATTCAAGATGGAGAAACAGGCTGCCTGgtaatcggttactatctgtatgtttcaaaattcttttgttaaatttgtttggtcattggtgtttcatgaacatgatctcgtggttgctttactgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA