Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACGCTGACACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGAGGGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgtttggacttctttttaaaaaccaaagcaattgatagtggcatgcgaaagaataacatatgcaaatgtttttgacatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G116087_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G116087_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g55870.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CAACGCTGACACATATGATAGCAATGCTTTCCACATGGATGGTTTTGGAGGGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgtttggacttctttttaaaaaccaaagcaattgatagtggcatgcgaaagaataacatatgcaaatgtttttgac-atag-------
||| ||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| |||||| | | || || ||| | ||| ||||| | | | |||| ||| | | | ||| ||| || || | ||
CAATGCTGATATATATGATAAAAATGCTTTCCATGTGGATGGATTTGATGGCTCTTTGGTTGAATTCATGGTTAGAGAAACCGAAAAACTACATCAACAGgtagagcag---gg------ttgtaactagcaatataattgttcattgtatgccaaaaattgcaaaatgttgatggttctggccatcttgtgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148966792|gb|EE017885.2|EE017885
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|149029771|gb|EE286265.2|EE286265
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|148973538|gb|EE024639.2|EE024639
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|148938252|gb|EC882544.2|EC882544
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|149088482|gb|EE177591.2|EE177591
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|28873742|gb|CB329688.1|CB329688
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|78089260|gb|DV517634.1|DV517634
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|71762890|gb|DR960827.1|DR960827
EST:     AAAGCTCCATGCACAG                         GTGGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: AAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|94479717|gb|EB708675.1|EB708675
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|211304785|gb|FL143334.1|FL143334
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCGCAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|211029807|gb|FL058985.1|FL058985
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATG-TTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCGCAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGG
EST: gi|211466167|gb|FL380586.1|FL380586
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGAT
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGAT
EST: gi|78111571|gb|DV529968.1|DV529968
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|148952137|gb|EC897931.2|EC897931
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|71448582|gb|DR829632.1|DR829632
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|149086680|gb|EE176220.2|EE176220
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
EST: gi|148961522|gb|EE012274.2|EE012274
EST:     GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAG                         GTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG
genomic: GGTCTTTGGTTGAATATATGGTTAGAGAAACTGAAAAGCTCCATGCACAGgtgaattcgt ... tttgacatagGTTGGGAGGTACAAGAGCCCAGATGAGCACCCTTTCTTTTCCAAGGATCTG