Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAGAGTTTTGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctgggagtcgcttgttttagcatgttgccttttacatggtatttctcttactgcccattccttgtggtgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G116034_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G116034_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os06g48750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAGAGTTTTGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctgggagtcgcttg-------ttttagcatgtt-gccttttaca-tggtatttctcttactgcccattccttgtggtgtag
||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| |   | ||  | |       |||| |  |||| ||| |||  | || ||||  ||  ||  |   ||  ||||  | |||
GGTGAAACCGAGGAGTTCTTCACATCTTATGATGAAGTTCATGAGAGTTTTGATGACATGGGTCTCCAAGAGAACCTTCTCAGAGGCATCTATGCCTATGgtaggtttataatctttcgtgctttttttttgtgtgtttgccatttgaactgttattcatcagac--ctttttttttgttttatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19437234|gb|BM953644.1|BM953644
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|19351508|gb|BM896040.1|BM896040
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149057504|gb|EE156642.2|EE156642
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211317180|gb|FL039359.1|FL039359
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211292598|gb|FL286205.1|FL286205
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|87151961|gb|DY396750.1|DY396750
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211294745|gb|FL286225.1|FL286225
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|148931048|gb|EC873642.2|EC873642
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211319193|gb|FL039360.1|FL039360
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|5555520|gb|AI881471.1|AI881471
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149086608|gb|EE176151.2|EE176151
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211074058|gb|FL286105.1|FL286105
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|148944140|gb|EC889228.2|EC889228
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|148978929|gb|EE026387.2|EE026387
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211085019|gb|FL286163.1|FL286163
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|31558561|gb|CD527773.1|CD527773
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|78114933|gb|DV533321.1|DV533321
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149071683|gb|EE160076.2|EE160076
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149112482|gb|EE295354.2|EE295354
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|31349869|gb|CD434226.1|CD434226
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|21809790|gb|BQ668108.1|BQ668108
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|31363551|gb|CD447908.1|CD447908
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211071319|gb|FL286089.1|FL286089
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|31355862|gb|CD440219.1|CD440219
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211076799|gb|FL286117.1|FL286117
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211085027|gb|FL286171.1|FL286171
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTWCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|31360434|gb|CD444791.1|CD444791
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149109326|gb|EE190140.2|EE190140
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|13382120|gb|BG458795.1|BG458795
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211292606|gb|FL286213.1|FL286213
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|13125989|gb|BG316664.1|BG316664
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211290463|gb|FL286196.1|FL286196
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|19351431|gb|BM895948.1|BM895948
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211288324|gb|FL286184.1|FL286184
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211085017|gb|FL286161.1|FL286161
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149075721|gb|EE164266.2|EE164266
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211082283|gb|FL286152.1|FL286152
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|6636979|gb|AW261251.1|AW261251
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|71768076|gb|DR966013.1|DR966013
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|148953344|gb|EE152835.2|EE152835
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211288327|gb|FL286187.1|FL286187
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211076806|gb|FL286124.1|FL286124
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149023519|gb|EE045864.2|EE045864
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|29947480|gb|CB816678.1|CB816678
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|149097051|gb|EE182858.2|EE182858
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
EST: gi|211319197|gb|FL039364.1|FL039364
EST:     TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATG                         GTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA
genomic: TGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctggg ... tgtggtgtagGTTTTGAGAAGCCATCTGCAATTCAGCAGAGAGGAATTGTTCCCTTCTGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTGAGACTGAGGAGTTCTTCACTTCATATGATGAAGTTTTTGAGAGTTTTGATGATATGGGCCTCCAAGAGAATCTTCTGAGAGGCATTTATGCTTATGgtaggctgggagtcgcttgttttagcatgttgccttttacatggtatttctcttactgcccattccttgtggtgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG