Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGTTGATATTCAAAGCATTCTATGGACTTGGGGCATTGATATTTGGCAATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatattctttccattagttggcttatcgaatgatccaggtgctttttactccctccattccaaattgtaagtcgttttggcttttttagtattta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113476_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G113476_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g38850.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGTGGTTGATATTCAAAGCATTCTATGGACTTGGGGCATTGATATTTGGCAATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatattctttccattagttggcttatcgaatgatccaggtgctttttactccctccat--tccaaattgtaagtcgttttggcttttttagtattta-----------------------------
|||||||| |||||||||| |||||||| || | ||| || || | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||   || || ||||||||||| ||| || ||   ||    ||   ||| ||   | || | |  | | ||   |    | |||||      | | ||   |||    |||||                               
GGTGGTTGGTATTCAAAGCGTTCTATGGGCTCGTGGCGTTAATCTGTGGCAATGGTTACATCGTTGGGATCAATCAGATCTATGACATTAGAATCGATAAgtatgtataatctctctatagattcatataagaaattatggtgatgttatgaattaccattaagaacaaaatttccttgcctatttcttttaactgtattctgacatttctaattttatgctgctttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76281546|gb|DV021114.1|DV021114
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
EST: gi|149081784|gb|EE170939.2|EE170939
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
EST: gi|71445925|gb|DR826975.1|DR826975
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
EST: gi|89250617|gb|DY622403.1|DY622403
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
EST: gi|101389442|gb|EB816675.1|EB816675
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
EST: gi|148973603|gb|EE024711.2|EE024711
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
EST: gi|148991565|gb|EE033091.2|EE033091
EST:     AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAA                         GGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC
genomic: AATGGTTACATAGTTGGGATTAATCAGATCTATGATGTTGCTATTGACAAgtatgtatat ... tactgaacagGGTAAACAAGCCATATTTACCCATTGCTGCTGGTGATCTCTCAATTCAGTC