Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaatactctccatctttgttatggttggcaacacctataggtgccggcaaaggggctaattaggtgggataagatcaagggggtcaaatcag...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G109383_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G109383_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g50480.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaat--actctccatctttgttatggttggcaacacctataggtgccggcaaaggggctaattaggtgggataagatcaagggggtcaaatcag
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  ||  | |   | || | ||| | ||           ||   |   | |||    | ||  ||  ||   |    || | ||  |    |   
GTGCAACCATTGTTGTGTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCGAAGGATGCTGTTCAGgtaatttatgattgattaggcctcatggttcttgtgcaattttgtgatccttattgtcaattttgttatatatttgcagttgcttctacggatttccctt--

upper sequence: GRMZM2G109383_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G23190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga--atactctccatctttgttatggttggcaacacctatag-gtgccggcaaaggggctaattaggtgggataagatcaagggggtcaaatcag
|||| ||| |||| |||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||| |    ||  ||| || |  ||||    ||   ||  ||      | | ||  |   | |      ||||||     ||    | |    | |        
GTGCCACACTTGTGGTCTCTGGTGATGGTCGTTATTACTCAAAGGATGCTGTTCAGgtaaggccgatgatattccctgtcttctggatctgtgtgaatgtaattggcgtatccatagaattatgaattagtgctcatgtatttacaatgttttgga---

upper sequence: GRMZM2G109383_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaatac-tctccatctttgttatggttggcaacacctataggtgccggcaaaggggctaattaggtgggataagatcaagggggtcaaatcag-
|    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||   ||    | | | | |     | || |  |   |        ||  ||       |   | |||||   |    | |  | |  |   |||   ||  
GCATGACACTTGTTGTTTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCGAAGGATGCCATTCAGgtacattcttgtccatttgcgcgcatatttttatcatct-tgttcgtatatggttttggactag-taattttatttatttatttaattgttttcagtacatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211503092|gb|FL335421.1|FL335421
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211183449|gb|FL327212.1|FL327212
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211163859|gb|FL345453.1|FL345453
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211399579|gb|FL345595.1|FL345595
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31349456|gb|CD433813.1|CD433813
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211464475|gb|FL313832.1|FL313832
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTG-CAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|32921738|gb|CF026550.1|CF026550
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211103216|gb|FL316257.1|FL316257
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31355827|gb|CD440184.1|CD440184
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|30088269|gb|CB886474.1|CB886474
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211519065|gb|FL311544.1|FL311544
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|8368954|gb|BE051899.1|BE051899
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211126281|gb|FL366445.1|FL366445
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211213801|gb|FL354211.1|FL354211
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|67035308|gb|CO463841.1|CO463841
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211198397|gb|FL354123.1|FL354123
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211514341|gb|FL311514.1|FL311514
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211520184|gb|FL353420.1|FL353420
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211038815|gb|FL358195.1|FL358195
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211040491|gb|FL324026.1|FL324026
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211446296|gb|FL306989.1|FL306989
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211354596|gb|FL343940.1|FL343940
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAGAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|60351626|gb|DN218599.1|DN218599
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211087099|gb|FL367278.1|FL367278
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211160953|gb|FL361295.1|FL361295
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149013083|gb|EE042782.2|EE042782
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211016345|gb|FL361191.1|FL361191
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211001599|gb|FL335869.1|FL335869
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|32921512|gb|CF026324.1|CF026324
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|19822139|gb|BQ048163.1|BQ048163
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|148974651|gb|EE025449.2|EE025449
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|148945839|gb|EC891128.2|EC891128
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211056237|gb|FL359926.1|FL359926
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211306566|gb|FL359152.1|FL359152
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|148951896|gb|EC897671.2|EC897671
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211153939|gb|FL327667.1|FL327667
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|32909658|gb|CF014470.1|CF014470
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAA
EST: gi|67041650|gb|CO467905.1|CO467905
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211258211|gb|FL352267.1|FL352267
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|28930952|gb|CB334313.1|CB334313
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211353999|gb|FL313767.1|FL313767
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31353888|gb|CD438245.1|CD438245
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149109604|gb|EE190283.2|EE190283
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149109221|gb|EE190083.2|EE190083
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211157734|gb|FL360814.1|FL360814
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|60351436|gb|DN218409.1|DN218409
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211149502|gb|FL328552.1|FL328552
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211088149|gb|FL307534.1|FL307534
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211125281|gb|FL351286.1|FL351286
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149017022|gb|EE045668.2|EE045668
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|67025687|gb|CO454436.1|CO454436
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211133200|gb|FL313078.1|FL313078
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|31356494|gb|CD440851.1|CD440851
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAATATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|67025909|gb|CO454658.1|CO454658
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211040466|gb|FL323564.1|FL323564
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|84980113|gb|DW530462.1|DW530462
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|148945380|gb|EC890603.2|EC890603
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211472612|gb|FL331154.1|FL331154
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|20208242|gb|BQ134331.1|BQ134331
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|211101215|gb|FL335616.1|FL335616
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149099504|gb|EE185542.2|EE185542
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
EST: gi|149014023|gb|EE043541.2|EE043541
EST:     CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAG                         ATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA
genomic: CAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 354

GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGACAAAACAGTCTCATGTCTACTCCTGCTGTATCTGCTGTCATCCGTGAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 502

GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGACAAAACAGTCTCATGTCTACTCCTGCTGTATCTGCTGTCATCCGTGAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 430

GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGACAAAACAGTCTCATGTCTACTCCTGCTGTATCTGCTGTCATCCGTGAAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 773

GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttaga ... gttgttacagATCATAACAAAAATGGCTGCTGCCAATGGAGTAAGACGTGTTTGGGTTGGACAAAACAGTCTCATGTCTACTCCTGCTGTATCTGCTGTCATCCGTGAAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGCAACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTATTTCTCAAAAGATGCTGTTCAGgtgatttagaatactctccatctttgttatggttggcaacacctataggtgccggcaaaggggctaattaggtgggataagatcaagggggtcaaatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT