Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGTGACCCTAGTATATCTACAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataatctctctttattgtgagtttattatgttgcttttcaacttctatataatatattacttgtcattctacgtttctgaagcacgaagt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108919_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108919_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g52140.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GAGGTGACCCTAGTATATCTACAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataatctctctttattgtgagtttat-tatgttgcttttcaacttctatataatatattacttgtcattctacgtttctgaagcacgaagt
|||| || |||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   | | |  |         |   | ||| | | | |       | |||  || | | |      | |      |    | | | | 
GAGGAGATCCTAGCGCGTCTACAGCTGAGGCAAAGGAGCAGGTGGATGCTCGATCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataaagacccatactctctctcacacacacgtttcatatgatggaaactgtaagctactccctcggtcccaaaaggaatttcactctagg-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7135303|gb|AW498018.1|AW498018
EST:     CAGNTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60351908|gb|DN218881.1|DN218881
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211050414|gb|FL364288.1|FL364288
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211491424|gb|FL310090.1|FL310090
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211538316|gb|FL356780.1|FL356780
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211406953|gb|FL337667.1|FL337667
EST:     AGCTGASSGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: AGCTGA-GGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211283212|gb|FL331388.1|FL331388
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211191463|gb|FL364434.1|FL364434
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGAWTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|9731847|gb|BE510599.1|BE510599
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCCTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211517204|gb|FL332921.1|FL332921
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211067042|gb|FL326738.1|FL326738
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211510457|gb|FL354887.1|FL354887
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211378524|gb|FL350958.1|FL350958
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211478350|gb|FL364133.1|FL364133
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|120480223|gb|EH210775.1|EH210775
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211260950|gb|FL364877.1|FL364877
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211357287|gb|FL353300.1|FL353300
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211210828|gb|FL334782.1|FL334782
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211264649|gb|FL311742.1|FL311742
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211165160|gb|FL324137.1|FL324137
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211420489|gb|FL364946.1|FL364946
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|9731848|gb|BE510600.1|BE510600
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211150849|gb|FL322008.1|FL322008
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211276608|gb|FL366596.1|FL366596
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211475946|gb|FL359362.1|FL359362
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|84980134|gb|DW530483.1|DW530483
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211289480|gb|FL348652.1|FL348652
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|84976804|gb|DW475226.1|DW475226
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211067393|gb|FL344092.1|FL344092
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211179405|gb|FL363893.1|FL363893
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTCTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211295277|gb|FL323384.1|FL323384
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60399133|gb|DN231947.1|DN231947
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211125800|gb|FL321191.1|FL321191
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|31351934|gb|CD436291.1|CD436291
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGCATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211285004|gb|FL330933.1|FL330933
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211177618|gb|FL479926.1|FL479926
EST:     CTGAGGCGAAGGAGCCAGGTGGATGCCCGGTCCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CTGAGGCGAAGGAG-CAGGTGGATGCCCGGT-CTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211277782|gb|FL330880.1|FL330880
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|31351939|gb|CD436296.1|CD436296
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60399607|gb|DN232418.1|DN232418
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211333443|gb|FL346031.1|FL346031
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|31350541|gb|CD434898.1|CD434898
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211279695|gb|FL337096.1|FL337096
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATTTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|60394010|gb|DN226880.1|DN226880
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211475451|gb|FL342194.1|FL342194
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211030847|gb|FL329818.1|FL329818
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCMCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211012344|gb|FL317983.1|FL317983
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211038605|gb|FL345816.1|FL345816
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211310796|gb|FL367440.1|FL367440
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211391812|gb|FL356647.1|FL356647
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
EST: gi|211019206|gb|FL365154.1|FL365154
EST:     CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAAT                         GTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT
genomic: CAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaattt ... tatactgcagGTTGATTATGCTTGCACCCCAGAAGAAGTGCAGCAGCATTTCCAAGCTTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGGTGACCCTAGTATATCTACAGCTGAGGCGAAGGAGCAGGTGGATGCCCGGTCTGTGTATGTTGGAAATgtaagaatttataatctctctttattgtgagtttattatgttgcttttcaacttctatataatatattacttgtcattctacgtttctgaagcacgaagt

- - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA