1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TGAGTGGACTAGAGTTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggtgcctggacttgtctttaattatcctcatttttgtttccatctgactatggtcatataccaaactatcgagaaagcactctgtgcacatat...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G104769_T02 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|211321471|gb|FL171489.1|FL171489
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGEST: gi|211321469|gb|FL171487.1|FL171487
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTG
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACGGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|211321468|gb|FL171486.1|FL171486
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|94476727|gb|EB705685.1|EB705685
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|211196887|gb|FL171483.1|FL171483
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|61119637|gb|DN560598.1|DN560598
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|211321467|gb|FL171485.1|FL171485
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTNCA-CAGCCAAAGATTATCAGAEST: gi|211321466|gb|FL171484.1|FL171484
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGT-CAACAGCCAAAGATTATCAGA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|149106376|gb|EE292096.2|EE292096
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAAEST: gi|91054321|gb|EB164739.1|EB164739
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
EST: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAG GCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
genomic: TTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggt ... ttgttggcagGCACATTACATGCTCGGGTTATCTCTTGTCAACAGCCAAAGATTATCAGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAGTGGACTAGAGTTGAGGAAGATTGCAGAACAGCTATCCAGCTTGACAGCCAGTCTGTTAAGgtgagtgggtgcctggacttgtctttaattatcctcatttttgtttccatctgactatggtcatataccaaactatcgagaaagcactctgtgcacatat
- - - - - - - - - GGAAGA