Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctattattttgcaaatagtttaccctattcccacattcatatttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102639_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102639_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os10g31900.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctattattt-tgcaaatagtttaccctattcccacattcatatttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacag--------------
| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||  |   || |   |  |    || |||     | ||  || | |  || ||  || ||  || | || ||  ||                 
TTAATGTCTATGTCCCCAAAGACAGAGTAACAAATCTACACCAGGGCTATGGATTTGTAGAATTCAGAAGTGAAGAAGATGCAGATTATgtaagtctatcttgggtgaaggcaaatagtacttttctactgtacactttcaatatccattcaatatagcttttctgtttcttatctatttatttttttag

upper sequence: GRMZM2G102639_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv04s0023g01470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctattattttgcaa-atagtttaccctattcccacattcat-atttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacag---------------------------------------------------------------------------
| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||  | || || || ||||| |||||||||||| | |  |||| ||   ||       | || | |   || ||   |||  | ||  || |  | |  | |||  | | |||                                                                             
TTAATGTATATGTTCCCAAAGATAGAGTGACAAATCTGCACCAAGGATATGGATTTGTAGAATTTCGAAGTGAAGAGGATGCTGATTATgtaagtgt-tgcttttacattgtaccagtttccatgctcctgttaattgcttaactgcctgttcaaatcatatttttaatctgtacctgttcacttccttaaagttttatattttttatttataggtctttctttctttctttttttttttcccctaatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26558877|gb|CA831112.1|CA831112
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|78090866|gb|DV519240.1|DV519240
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|91056510|gb|EB166928.1|EB166928
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148943004|gb|EC888052.2|EC888052
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|87157489|gb|DY402278.1|DY402278
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|33467168|gb|CF244217.1|CF244217
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148956981|gb|EC902927.2|EC902927
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148933043|gb|EE285938.2|EE285938
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|78124664|gb|DV543048.1|DV543048
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAAAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGAA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|50322326|gb|CO517452.1|CO517452
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|89762379|gb|DY689990.1|DY689990
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|94477767|gb|EB706725.1|EB706725
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|76288123|gb|DV027691.1|DV027691
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|71425499|gb|DR806709.1|DR806709
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|31355533|gb|CD439890.1|CD439890
EST:     GAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTAT-TCGGGAAGCCCATAAGAGT
genomic: GAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATAT-GGGAAGCCCATAAGAGT
EST: gi|76291455|gb|DV031023.1|DV031023
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|76015742|gb|DT942912.1|DT942912
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|76290093|gb|DV029661.1|DV029661
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148961210|gb|EE011925.2|EE011925
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|86472905|gb|DY239275.1|DY239275
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCGGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|78124734|gb|DV543118.1|DV543118
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAAAATTCGGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
EST: gi|148938096|gb|EC882358.2|EC882358
EST:     ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTAT                         GCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA
genomic: ACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctat ... ctttctacagGCTATTAAGACTTTGAACATGATCAAACTATATGGGAAGCCCATAAGAGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGAATGTGTATGTCCCAAAAGACAGAGTTACAAACTTACACCAGGGATATGGATTTGTAGAATTCAGGAGCGAGGAAGATGCAGATTATgtaagtctattattttgcaaatagtttaccctattcccacattcatatttagttacccttttatctaaattgtttgctttctacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT