Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctgcatcatataatgttcttaatatgtttcatcaacatgaatataaaatttgatttggagttatggtaagtaaactatagttattgtattact...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087105_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087105_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g07970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctgcatcatataatgttcttaatatgtttcatcaacatgaatataaaatttgatttggagttatggtaagtaaactatagttattgt--attact--
||| ||| | ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |   |||||||| |   ||||||| |||  ||||||||  ||||       |||  |||| | | |    ||||||  | ||          || | |  
GGCCACCATATGCCGCATGAAGAGTGGTTCAATCTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgagccttgcatcatgtgccgttcttattatccttcatcaatgtgaaatggctgttt--tttgaaataaaa--aagtaagatgtaacaggcacaaataattaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26557289|gb|CA829524.1|CA829524
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGCTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211402413|gb|FL355655.1|FL355655
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         AT-CTCCGCCTTTGGTCTGCT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCT
EST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|78085484|gb|DV513877.1|DV513877
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211359036|gb|FL316883.1|FL316883
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCT-CTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAA
EST: gi|37422877|gb|CF649154.1|CF649154
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211108624|gb|FL325821.1|FL325821
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211218803|gb|FL348984.1|FL348984
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTG
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTG
EST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211134525|gb|FL362066.1|FL362066
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTTATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211131870|gb|FL366543.1|FL366543
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAA
EST: gi|211303809|gb|FL321304.1|FL321304
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|71441001|gb|DR822051.1|DR822051
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211046537|gb|FL332034.1|FL332034
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTT
EST: gi|211231251|gb|FL350932.1|FL350932
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAG
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAG
EST: gi|211258210|gb|FL352266.1|FL352266
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAA
EST: gi|211475490|gb|FL344064.1|FL344064
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGT
EST: gi|211267657|gb|FL340177.1|FL340177
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCA
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCA
EST: gi|211222348|gb|FL320272.1|FL320272
EST:     CTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACCTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGA
genomic: CTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAAC-TGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGA
EST: gi|211135362|gb|FL349820.1|FL349820
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATNAG                         AT-CTCCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAG
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAG
EST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|78107838|gb|DV526256.1|DV526256
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|50337804|gb|CO532930.1|CO532930
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         ATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCTCTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGCAAATTCATGAATGAGTACAAT
EST: gi|211337796|gb|FL343836.1|FL343836
EST:     CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAG                         AATCTACCGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGC
genomic: CCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctg ... ttttttccagATTCT-CTGCCTTTGGTCTGCTGAAAGCTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTACCTTGTGCCGTATGAAGAGTGGTTTAATTTTAACTGGAGTTGGAGATAAGgtgggtgctgcatcatataatgttcttaatatgtttcatcaacatgaatataaaatttgatttggagttatggtaagtaaactatagttattgtattact

- - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT