Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatctactccaaaatccaggcatagtgaacagtaactagcttttcttagaagtgatgggggtgtctttacttagttcttgcagttttggggattta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086497_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086497_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgat-ctactccaaaatccaggcatagtgaa--cagtaactagcttttcttagaagtgatgggggtgtctttac-ttagttcttgcagttttggggattta
||| ||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||   | |||||| |||  |   |    ||  | | |||| |  ||  | | | || | ||   ||  ||     || ||  |  |    
AGCATTTCTGCTTCAAGGAAACGAAACCAGTGGTTTTGAATCTTTGGCACGTACGTTTGTTATCTCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgccattgctccattgttcaggcagagtagaagtaaccgcttacatgtctttgttgttttagtgatggcattgtgtttctttacttagcttgtgcaa----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149004863|gb|EE039371.2|EE039371
EST:     CTTTGTTAT-TCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: CTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|40334535|gb|CK368605.1|CK368605
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|16919565|gb|BM074252.1|BM074252
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|71306896|gb|DR789603.1|DR789603
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|93014938|gb|EB640458.1|EB640458
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|76935254|gb|DV174267.1|DV174267
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTGGG-TTCCGTGTTCCT
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCT
EST: gi|149004864|gb|EE039372.2|EE039372
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|32928610|gb|CF033422.1|CF033422
EST:     AACCCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: AA-CCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|91051591|gb|EB162009.1|EB162009
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTG
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTG
EST: gi|71315913|gb|DR794644.1|DR794644
EST:     AACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTTGCTCA-G                         ACTATATATGTTTTTTGGCTT
genomic: AACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATT-GCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTT-GGCTT
EST: gi|60355709|gb|DN222682.1|DN222682
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|26456832|gb|CA828415.1|CA828415
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|149101732|gb|EE187869.2|EE187869
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|20507680|gb|BQ279727.1|BQ279727
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGCTCTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|78075810|gb|DV504244.1|DV504244
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|149077476|gb|EE166172.2|EE166172
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|20507678|gb|BQ279726.1|BQ279726
EST:     CTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: CTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|211021098|gb|FL442866.1|FL442866
EST:     TGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTYCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: TGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|211067046|gb|FL326742.1|FL326742
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTWWTTGGCTTCGGTGTACCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|149077477|gb|EE166173.2|EE166173
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|71310300|gb|DR791442.1|DR791442
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
EST: gi|71306891|gb|DR789602.1|DR789602
EST:     GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAG                         ACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA
genomic: GAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 74

AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 46

AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 119

AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 69

AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatcta ... ccttattcagACTATATATGTTTTTGGCTTCGGTGTTCCTTTGTTCATTGATACTGATCAAGGAACTAGTGGGAAATGGGGCCTGTGGATTCTCCACAAACTTGTGCTTA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCCTTTCTACTTCAAGGAAATGATGCCAGCGGTTTTGAATCTTTGGCACGAACCTTTGTTATATCTGGAGCTGTAGTTGCTGCTGATGTATTGCTCAAGgtatgatctactccaaaatccaggcatagtgaacagtaactagcttttcttagaagtgatgggggtgtctttacttagttcttgcagttttggggattta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT