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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCATACACAAAGGCTGTGGAGCTCTTGAAAAATGTTACCGACAAGAAGTTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatgtgattgagccttattagaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083836_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g27520.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTTCATACACAAAGGCTGTGGAGCTCTTGAAAAATGTTACCGACAAGAAGTTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatg--tgattgagccttatt-agaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaag
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TTTCATATACAAAAGCTGTTGAGCTATTGAAAAATGTCACTGATAAGAAATTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAGgtatctatattggaatttaatattttatc---ttccgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaag

upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TTTCATACACAAAGGCTGTGGAGCTCTTGAAAAATGTTACCGACAAGAAGTTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacattggaattgttttcctaattaagtttttatg--tgattgagccttatt-agaatttcaattcttgtcatgaaatgttgaag-------------------------
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TTTCATATACAAAAGCTGTTGAGCTATTGAAAAATGTCACTGATAAGAAATTCGAAAACAAGGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCAGAGCATGAAAGgtatctatattggaatttaatattttatc---ttccgatgacttactgtgctttgtttacatttttatctctcttcttacattgtttaaggtatttaaccgaggtgatatttaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33100320|gb|CF060280.1|CF060280
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|40334584|gb|CK368654.1|CK368654
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|31355350|gb|CD439707.1|CD439707
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|32843846|gb|CD983527.1|CD983527
EST:     TGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|19351358|gb|BM895890.1|BM895890
EST:     TTTGCCAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTACCAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|61119073|gb|DN560034.1|DN560034
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|17929648|gb|BM266608.1|BM266608
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|78026378|gb|DV494765.1|DV494765
EST:     CAACAAAGTTGATTGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: CAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148938651|gb|EC882983.2|EC882983
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|32929972|gb|CF034784.1|CF034784
EST:     TTTGCCAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|7238163|gb|AW573385.1|AW573385
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGNTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|32933328|gb|CF038140.1|CF038140
EST:     TTTGACGACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148983060|gb|EE028970.2|EE028970
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|5343238|gb|AI795423.1|AI795423
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|149095952|gb|EE181618.2|EE181618
EST:     AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCTTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|78544242|gb|DV621740.1|DV621740
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|33100053|gb|CF060013.1|CF060013
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|15209114|gb|BI430998.1|BI430998
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148995953|gb|EE035199.2|EE035199
EST:     TTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATC
genomic: TTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCAT-GAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATC
EST: gi|33099622|gb|CF059582.1|CF059582
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|148958201|gb|EC904407.2|EC904407
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|83279166|gb|DV943174.1|DV943174
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|6403398|gb|AW171873.1|AW171873
EST:     AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: AAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|15082868|gb|BI389552.1|BI389552
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
EST: gi|44901355|gb|CK827900.1|CK827900
EST:     TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAG                         GTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC
genomic: TTTGACAACAAAGTTGAATGGGGAATTGATTTAGCCTCTGAGCATGAAAGgtatccacat ... aatgttgaagGTATTTAACAGAGGATATATTTAAGAAGCCAGTTATTGTCTATAACTATCC