1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAAAAGATGACACAAATCATGTTTGAAACTTTCAGTGTTCCTGCTATGTATGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatcaaataatcagcattttattcatgtacattctttttttttgctgctctggaatcttaatctagtataaactagttgaccaaaggtgaaata...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G082484_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTGCTATTCAAGCTGTCHTTYCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATEST: gi|31353490|gb|CD437847.1|CD437847
genomic: GTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTA-CCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTAT
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATGEST: gi|211240566|gb|FL158540.1|FL158540
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTATATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGTCACACTGTCCCAATCTATGEST: gi|31354996|gb|CD439353.1|CD439353
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATGEST: gi|211242789|gb|FL158545.1|FL158545
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATGEST: gi|211242785|gb|FL158541.1|FL158541
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATGEST: gi|31355598|gb|CD439955.1|CD439955
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATGEST: gi|211245024|gb|FL158556.1|FL158556
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCEST: gi|78083306|gb|DV511699.1|DV511699
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCC
EST: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTG GTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
genomic: TGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatc ... tggttgacagGTATTGTCCTGGATTCTGGAGACGGTGTCAGCCACACTGTCCCAATCTATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAAAGATGACACAAATCATGTTTGAAACTTTCAGTGTTCCTGCTATGTATGTTGCTATTCAAGCTGTCCTTTCCCTTTATGCTAGTGGCCGTACCACTGgtaagtgatcaaataatcagcattttattcatgtacattctttttttttgctgctctggaatcttaatctagtataaactagttgaccaaaggtgaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG