Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCCAAAGTAGAAGTGCCTCAGGTAAGGCCTGTTATTATGCCTAATTCGCTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctctatttcctccttcctacttgcaccaatttaatgtttgtgtttatgtaatcattgtgagcaatcactttggaagtgttctaaatctgtaacatttgctggcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G081812_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211062251|gb|FL249756.1|FL249756
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|31361671|gb|CD446028.1|CD446028
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|71325031|gb|DR799198.1|DR799198
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|24462593|gb|BM660124.1|BM660124
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|74034907|gb|DT535397.1|DT535397
EST:     AGGCATGGGCATTTCCTCCGCGAACCAGCTTATGGNGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCC
genomic: AGGCATGG-CATTTCCTCCGCGA-CCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCC
EST: gi|26457010|gb|CA828593.1|CA828593
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCG
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCG
EST: gi|22818963|gb|BU499053.1|BU499053
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGAT
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGAT
EST: gi|87155380|gb|DY400169.1|DY400169
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|26457257|gb|CA828840.1|CA828840
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|29946767|gb|CB816315.1|CB816315
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|32910104|gb|CF014916.1|CF014916
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|32943947|gb|CF048766.1|CF048766
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
EST: gi|26559878|gb|CA832113.1|CA832113
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATG
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATG
EST: gi|22543269|gb|BU093707.1|BU093707
EST:     CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAAT                         CTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC
genomic: CTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 197

TACCCAAAGTAGAAGTGCCTCAGGTAAGGCCTGTTATTATGCCTAATTCGCTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 123

TACCCAAAGTAGAAGTGCCTCAGGTAAGGCCTGTTATTATGCCTAATTCGCTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 159

TACCCAAAGTAGAAGTGCCTCAGGTAAGGCCTGTTATTATGCCTAATTCGCTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 129

TACCCAAAGTAGAAGTGCCTCAGGTAAGGCCTGTTATTATGCCTAATTCGCTAGGCATGGCATTTCCTCCGCGACCAGCTTATGGTGTGGCACCTCCAATgtatgttctc ... ttgctggcagCTATAATCCTGCACTCAATCCTTTGATGGCCCGGCCTCCAATTTGGCCTGCTGCACCAGCGCAAGCTTGGTATCCGCAACAAGCAGCATATCCACAACAA