Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcagactcttacagatttctttgcattgaacacttttgctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070422_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g23810.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcagactcttacagatttctttg-----cattgaacacttt--tgctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag
 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||  |||||| |||  |||  |      ||||      |||  |  |  ||  |    | ||| ||  |||| | |  ||||
GTTCATTGCTGGAGTTGCTGATGACAATGGCTATGGCTGGGCAATTGCAAAGGCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAAATTCTTGTTGGTACATGGGTGCCTgtaagtggatccaactcttgcagtgttcaatagggatcatttttttttttcctctttgtcattcacttaatggagagttctacctgcacag

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G31780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat----cagactct--tacag-atttctttgcattgaacacttttgct---gatcgattgtct-tatgtagtattcttctttga-cag---------------------------
 ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||  | || || || || || |||||||||||||| || |||||||| || ||| ||  ||    | || |||  |  ||  | | | | |||||   |||||| |     |  ||| |  | | |||   ||       ||  |||                           
TTTCATTGCTGGTGTGGCTGATGACAATGGATATGGCTGGGCAATAGCAAAATCTCTCGCAGCAGCAGGAGCTGAAATTCTTGTCGGCACATGGGTACCTgtaagtaaatattactgattctggtgtagtgtgtttgtacattgtttacttttaccctgaaatgatggcatctctgtgaaatatacaagtggtcaggtactaactttgaacattttcatgcag

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA08G45990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat----cagactct--tacag-atttctttgcattgaacacttttgct----gatcg-attgtct-tatgtagtattcttctttgacag---------------------------
 ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||  | ||||| || || || |||||||||||||| || |||||||| || ||| ||  ||    | || |||  |  ||  | | |   |||||   |||||| |      |||   || ||| | |||| ||| |   |  | |||                           
TTTCATTGCTGGTGTGGCTGATGACAATGGATATGGCTGGGCAATAGCAAAATCTCTTGCAGCAGCAGGAGCTGAAATTCTTGTCGGCACATGGGTACCTgtaagtaaatatcactgattctggtgtagtgtgtttgcacattgtttacttttaccctgaaatcatgttatctctgtgtaatatacaagtg-gtcaggttctaacttcgaacattttcatgcag

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA11G10770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcagactcttacagatttctttgcattgaacactttt--gctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag--------------------------------------------------------------------------------------
 || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  | |||||||| || || |||||||||||||| || |||||||| || ||| ||| ||  |  | ||   |||        | ||   || | |  | ||||  |     | | |  ||  | |    ||||                                                                                        
TTTTATTGCTGGTGTTGCTGATGACAATGGATATGGATGGGCAATTGCAAAATCTCTTGCTGCAGCCGGAGCTGAAATTCTTGTTGGCACATGGGTACCTgtaagtt-atttgtttattttggataa----aaaatgggtacctatcagttgatatacaaattcacgaggttctgtctgctgacttttggaacaacacctcccccctccagtgcatatgttttccagtccttttacggtgatacatttactaactgtgaactatttctatag

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA12G03060.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcagactcttacagatttctttgcattgaacactttt--gctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag----------------------------------------------------------------------------------------
 || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || ||||| || |||||||| || ||| ||| ||  |  | ||   |||        | ||   |  | |  | ||||  |     | | |  ||  | |    ||||                                                                                          
TTTTATTGCTGGTGTTGCTGATGACAATGGATATGGATGGGCAATTGCAAAAGCTCTTGCTGCAGCAGGAGCTGAGATCCTTGTTGGCACATGGGTACCTgtaagtt-atttgtttattttggataa----aaaatgggtatctatcagttgatatacgaattcacgaggttctgtctgctgacttttggaacaacacctcccccctccagtgcatatgttttttccagtccttttgtgctgatacatttactaactgtgaaccatttctatag

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT2G05990.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgt------tgatcagactcttacagatttctttgcattgaacacttttgctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag
 |||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| || || ||  | |||||||| ||||| ||||||||  | || || || ||||| || ||| ||      || |    ||  |     |||| || |||||   | || | || | | ||      |||   || |            
TTTCATTGCTGGTATAGCTGATGATAATGGCTATGGTTGGGCCATAGCAAAATCTCTTGCTGCTGCTGGAGCTGAAATATTGGTTGGGACTTGGGTTCCTgtaagtcatttttggttcagctgcttttagtttcctt-cattgctaaattatactaacctatgaatggatggtctactag----------

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0007g06390.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcagactcttacagatttctttgcattg--aacacttttgctgatcgattgtcttatgta-gtattcttctttgacag--------------------------------------------
||| ||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||  | |||||||| || || |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||  || |   ||| ||   |||  |||  |||   | |   |   | ||   || |   |   | || || ||| |||  |                                             
ATTTATTGCGGGTGTAGCTGATGATAATGGATATGGTTGGGCAATAGCAAAATCGCTTGCTGCTGCAGGAGCTGAAATTCTTATTGGCACATGGGTGCCTgtatgtaaatta--ttctaacttctttaattgacttgtggatagactgattcatgagttctggcaacaatgttttgttccttgtaaaatattttattttttaatgataataataattttttattttcatag

upper sequence: GRMZM2G070422_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g01310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcag-actcttacagat--ttctttgcattgaacact---tttgctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag-------------
 || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||  | ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| || ||| ||  || |    ||  | | ||  |||| ||| || | |||    |   |||| | ||         | | |||  |   ||  |              
CTTTATTGCTGGTGTTGCTGATGACAATGGATATGGTTGGGCAATAGCCAAATCTCTTGCAGCTGCAGGTGCTGAAATTCTTGTTGGCACATGGGTTCCTgtaagtaaattaatgatcacatatatcattctctgctttaatcacagagtaatctgagccatgtcaaaccattggattactaactgggaagctccttgtgtag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211250633|gb|FL329628.1|FL329628
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGANGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211305791|gb|FL318627.1|FL318627
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211393336|gb|FL308676.1|FL308676
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|31361470|gb|CD445827.1|CD445827
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211286546|gb|FL312257.1|FL312257
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32914780|gb|CF019592.1|CF019592
EST:     GGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACCATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: GGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTA-CATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211468357|gb|FL359309.1|FL359309
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|67017641|gb|CO446390.1|CO446390
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|31356384|gb|CD440741.1|CD440741
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|67019739|gb|CO448488.1|CO448488
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211007421|gb|FL345275.1|FL345275
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211308112|gb|FL334851.1|FL334851
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|32914888|gb|CF019700.1|CF019700
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211433427|gb|FL362817.1|FL362817
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|24774150|gb|CA409404.1|CA409404
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211274498|gb|FL347705.1|FL347705
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211525761|gb|FL336364.1|FL336364
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211399086|gb|FL329174.1|FL329174
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|67042246|gb|CO468501.1|CO468501
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|84980240|gb|DW530589.1|DW530589
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|6526869|gb|AW216132.1|AW216132
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|6022101|gb|AW067029.1|AW067029
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211283609|gb|FL349544.1|FL349544
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211486128|gb|FL325707.1|FL325707
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211007423|gb|FL345277.1|FL345277
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCT
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCT
EST: gi|211253629|gb|FL364837.1|FL364837
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211385451|gb|FL308647.1|FL308647
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|31355683|gb|CD440040.1|CD440040
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|6021144|gb|AW066072.1|AW066072
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211391003|gb|FL321745.1|FL321745
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211430723|gb|FL358038.1|FL358038
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211021063|gb|FL329760.1|FL329760
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|24774154|gb|CA409408.1|CA409408
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211507944|gb|FL346101.1|FL346101
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211468358|gb|FL359310.1|FL359310
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211474665|gb|FL315664.1|FL315664
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211088687|gb|FL328958.1|FL328958
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|28910331|gb|CB331385.1|CB331385
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211457493|gb|FL333166.1|FL333166
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211298039|gb|FL348705.1|FL348705
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211135434|gb|FL356365.1|FL356365
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|6636971|gb|AW261243.1|AW261243
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|31353471|gb|CD437828.1|CD437828
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|7162427|gb|AW520049.1|AW520049
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|29576949|gb|CB617061.1|CB617061
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211164083|gb|FL357846.1|FL357846
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|24774062|gb|CA409316.1|CA409316
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|31354494|gb|CD438851.1|CD438851
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|78023662|gb|DV492049.1|DV492049
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211154562|gb|FL361241.1|FL361241
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211267880|gb|FL003945.1|FL003945
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211327096|gb|FL352863.1|FL352863
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211298034|gb|FL348700.1|FL348700
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|88751885|gb|DY536026.1|DY536026
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACGTGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGAAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211325215|gb|FL365316.1|FL365316
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGC
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagG-CACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGC
EST: gi|211480969|gb|FL350629.1|FL350629
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211385522|gb|FL311833.1|FL311833
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211265428|gb|FL346823.1|FL346823
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211508160|gb|FL357204.1|FL357204
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGCGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|71766309|gb|DR964246.1|DR964246
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
EST: gi|211216453|gb|FL358321.1|FL358321
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAA
EST: gi|211072240|gb|FL315242.1|FL315242
EST:     AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCG                         GCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA
genomic: AGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 942

ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 615

ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 326

ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 2601

ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgat ... tctttgacagGCACTTAACATATTTGAGACAAGTCTGAGGCGTGGAAAGTTTGATGAATCACGGAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTCATTGCTGGAGTTGCTGATGATAATGGCTATGGATGGGCAATTGCGAAGGCACTTGCTGCGGCTGGTGCTGAAATTCTTGTGGGTACATGGGTGCCGgtatgttgatcagactcttacagatttctttgcattgaacacttttgctgatcgattgtcttatgtagtattcttctttgacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC