Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttttatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070239_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G070239_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g54770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttttatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta---
||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||| | | |||| ||||      ||| || ||||| |||| | | | | |    | || |     ||   || | |   | |   || ||   |  |   
TGTCTGGGTTGCCCGTAAACCACCTGGTTTTGCATTTATCGATTTTGATGACAAGAGGGATGCTGAGGATGCACTCCGTGATTTAGATGgtatgt-aacggtgttttttctgcacact-gtctgaag-tttgtcagaaaattcttttgttctattttgatgaccttttatatgtcaaattagcaatacaggt

upper sequence: GRMZM2G070239_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA14G17930.4 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttttatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta
||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || || ||| |||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||  |  | | |||| | | ||   |   ||    |  | | |  |  |  ||  | |    |   |   |   | |  | |   |   |
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGACGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgttcagaagaattatgttgttggaat-gtaatagaattaaaatcaaaattaaatgtgcatagatatgtttatttacaacattcttcttatctgctaa

upper sequence: GRMZM2G070239_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA17G29080.2 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgtt-agcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttt-tatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta
||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| | || |||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||| || ||  |  | | |||| | | ||   |   ||    |  | | |  | | |  ||  | |   ||   ||  |   | |  | |   |  ||
TGTTTGGGTTGCACGTAGACCACCTGGTTATGCTTTTATTGACTTTGATGACCGCAGAGATGCACAGGATGCTATCCGTGAATTGGATGgtatgtttagaagaattatgttgttggaat-gtaatagaattaaaatcaaaattaaaatgtgcatatatatgtatatttgctacattcttcttatctgc-ta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22819738|gb|BU499828.1|BU499828
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015358|gb|FK984053.1|FK984053
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009789|gb|FK984014.1|FK984014
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012572|gb|FK984033.1|FK984033
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCNTCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|71430460|gb|DR811510.1|DR811510
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015359|gb|FK984054.1|FK984054
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007022|gb|FK984004.1|FK984004
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|67041575|gb|CO467830.1|CO467830
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012573|gb|FK984034.1|FK984034
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018134|gb|FK984060.1|FK984060
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009794|gb|FK984019.1|FK984019
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATTTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|60340914|gb|DN207887.1|DN207887
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018138|gb|FK984064.1|FK984064
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|78179171|gb|DV549544.1|DV549544
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018136|gb|FK984062.1|FK984062
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009788|gb|FK984013.1|FK984013
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|71430461|gb|DR811511.1|DR811511
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015356|gb|FK984051.1|FK984051
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018131|gb|FK984057.1|FK984057
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007019|gb|FK984001.1|FK984001
EST:     TGATTTTKACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|33467584|gb|CF244633.1|CF244633
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012569|gb|FK984030.1|FK984030
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|30705227|gb|CD058704.1|CD058704
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165217|gb|FK984072.1|FK984072
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007021|gb|FK984003.1|FK984003
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018130|gb|FK984056.1|FK984056
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007020|gb|FK984002.1|FK984002
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|31356601|gb|CD440958.1|CD440958
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|50326514|gb|CO521640.1|CO521640
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165222|gb|FK984077.1|FK984077
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015346|gb|FK984041.1|FK984041
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012565|gb|FK984026.1|FK984026
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012571|gb|FK984032.1|FK984032
EST:     TGATTTTKACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|29130665|gb|CB381369.1|CB381369
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|32943212|gb|CF048031.1|CF048031
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|87156333|gb|DY401122.1|DY401122
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|148983454|gb|EE029469.2|EE029469
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165218|gb|FK984073.1|FK984073
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCT
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165223|gb|FK984078.1|FK984078
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015350|gb|FK984045.1|FK984045
EST:     GATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCTGTGATCTAGATG                         GTAANAATGGATGGAAAGTTGAACTAT
genomic: GATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTC-GTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTAT
EST: gi|76012688|gb|DT939858.1|DT939858
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012574|gb|FK984035.1|FK984035
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007025|gb|FK984007.1|FK984007
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|50326513|gb|CO521639.1|CO521639
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015357|gb|FK984052.1|FK984052
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165220|gb|FK984075.1|FK984075
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165216|gb|FK984071.1|FK984071
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018143|gb|FK984069.1|FK984069
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165219|gb|FK984074.1|FK984074
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|60337673|gb|DN204646.1|DN204646
EST:     ACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: ACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018139|gb|FK984065.1|FK984065
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012576|gb|FK984037.1|FK984037
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009798|gb|FK984023.1|FK984023
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015347|gb|FK984042.1|FK984042
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|22521212|gb|BU080023.1|BU080023
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|30031727|gb|CB833578.1|CB833578
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009797|gb|FK984022.1|FK984022
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009795|gb|FK984020.1|FK984020
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015351|gb|FK984046.1|FK984046
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009787|gb|FK984012.1|FK984012
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018133|gb|FK984059.1|FK984059
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCAC-AATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007027|gb|FK984009.1|FK984009
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|89756822|gb|DY686699.1|DY686699
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211012575|gb|FK984036.1|FK984036
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018132|gb|FK984058.1|FK984058
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009796|gb|FK984021.1|FK984021
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|22935529|gb|BU571804.1|BU571804
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009785|gb|FK984010.1|FK984010
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|6918354|gb|AW399884.1|AW399884
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009792|gb|FK984017.1|FK984017
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211009793|gb|FK984018.1|FK984018
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211165221|gb|FK984076.1|FK984076
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATNCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211015355|gb|FK984050.1|FK984050
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|149061145|gb|EE157405.2|EE157405
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211018141|gb|FK984067.1|FK984067
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGRAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
EST: gi|211007026|gb|FK984008.1|FK984008
EST:     TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATG                         GTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA
genomic: TGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagc ... tctaaaatagGTAAGAATGGATGGAAAGTTGAACTATCTCGTAGCACCAATGGTCGTGGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTTGGGTCGCACGCAAACCACCTGGTTTTGCATTTATTGATTTTGACGACAGGAGGGATGCAGAGGATGCTATTCGTGATCTAGATGgtatgttagcagtgtcttttggttgaacttgtttgaagctttgcctggacacttcagttttatgaagagaaatccctgtgattatttgatcaggcgtgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG