Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAAGGCTCATTGTGGAGTGTGACAGGAAAATTCAGAGGGCCCTAAAACGGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctggtatctgctaggactcacttatatatcaattgcaaaagtttatttgtaacggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069916_T03
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069916_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g62640.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
AGAAAGGCTCATTGTGGAGTGTGACAGGAAAATTCAGAGGGCCCTAAAACGGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctggtatctgctaggactcacttatatatcaattgcaaaagtttatttgtaacggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacag
         ||| |||||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||| |      |  ||  |||||    || |   ||  ||||||||   | |    ||| | ||||  ||       ||| |||  |||| ||  ||  |||
---------CATCGTGGAGTGCGAGAGGAAAATTCAGAGGGCGCTGAAGCGTCTTGCTGATGAGGATGCCAAGGCTGCTATTGCAATATCTGTTTCTGAGGTTACTCAGgtattt------atccaactatatgc--atcg---aaacttatttgtctagaa----cttcaattgaattgc------ttgcttgc-ttgttaacatttgcag

upper sequence: GRMZM2G069916_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA18G47910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
AGAAAGGCTCATTGTGGAGTGTGACAGGAAAATTCAGAGGGCCCTAAAACGGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctggtatctgctaggactcacttatatatcaattgcaaaag-tttatttgtaacggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacag
          ||||  |||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||| |  ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||  ||         | ||   ||   |      |    ||| |||    ||  | |  | | |         |||  ||    | ||||| |||||  || |  |||
---------TATTGGTGAGTGTGACAGGAAAATAGGGAGGGCTCTAAAGCGGCTCGAGGATGACGATGCGAAAGCTGCGATTGCGATTTCGGTCTCTGAAGTTACTCAAgtg-------agtcttggttgagtccttgctatggaaggtttgccggtggcagtgatttt---------gtgagttgtgataattgttttgtct-tgcttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|87157671|gb|DY402460.1|DY402460
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         ACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAA
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAAATGGCAGAA
EST: gi|22549221|gb|BU101422.1|BU101422
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         ACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAA
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacagACGGATGACATACTGCAGCTGTCAAAACAGATAAAGGAGAAA
EST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|60340812|gb|DN207785.1|DN207785
EST:     CAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGGTTACTCTG                 
genomic: CAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCT---G--A----Ggttactctgg ... at
EST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-
EST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
EST:     GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAG                         G
genomic: GGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctgg ... atgttcacag-

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAAAGGCTCATTGTGGAGTGTGACAGGAAAATTCAGAGGGCCCTAAAACGGCTTGCAGATGATGATGCCAATGCTGCTATTGCGATATCGGTCTCTGAGgttactctggtatctgctaggactcacttatatatcaattgcaaaagtttatttgtaacggaaactcttgatttgaggtgtattaaattgattgtattgtcaatgttcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT