Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGTCGCTGACATCATACGCACTACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaaggcttgcttgtagtctatgagtttcattgttggacaaaagttaacttgaaccattttgtgttgaataactttgatggctggtaataaacg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069765_T05
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149105498|gb|EE291023.2|EE291023
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|60358233|gb|DN225206.1|DN225206
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229383|gb|FL136771.1|FL136771
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|149082543|gb|EE171738.2|EE171738
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|78083040|gb|DV511433.1|DV511433
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGAAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229393|gb|FL136781.1|FL136781
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GGGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACAT
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagG--TATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACAT
EST: gi|211227330|gb|FL136768.1|FL136768
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|33093832|gb|CF053826.1|CF053826
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|6021027|gb|AW065955.1|AW065955
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211231448|gb|FL136784.1|FL136784
EST:     ACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGNAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATT
genomic: ACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGG-AGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATT
EST: gi|211231449|gb|FL136785.1|FL136785
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGNTTACTAATGATGGTAATGGCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211231450|gb|FL136786.1|FL136786
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|33097192|gb|CF057152.1|CF057152
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGGCATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|76014861|gb|DT942031.1|DT942031
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229381|gb|FL136769.1|FL136769
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|22491088|gb|BU051011.1|BU051011
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|19350690|gb|BM895222.1|BM895222
EST:     ATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTCCTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: ATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229392|gb|FL136780.1|FL136780
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229385|gb|FL136773.1|FL136773
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211231451|gb|FL136787.1|FL136787
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|32865501|gb|CF005183.1|CF005183
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|19351773|gb|BM896305.1|BM896305
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229388|gb|FL136776.1|FL136776
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229394|gb|FL136782.1|FL136782
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229391|gb|FL136779.1|FL136779
EST:     ACATTGGGGTCC-AGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGGTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAA-TAGACATTG
genomic: ACATTGGG-TCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|87153647|gb|DY398436.1|DY398436
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|31354825|gb|CD439182.1|CD439182
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTATTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATCG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|211229386|gb|FL136774.1|FL136774
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|31354522|gb|CD438879.1|CD438879
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATCG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|148949761|gb|EC895244.2|EC895244
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|31354218|gb|CD438575.1|CD438575
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|22491149|gb|BU051072.1|BU051072
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
EST: gi|149084479|gb|EE173941.2|EE173941
EST:     TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAG                         GTATTCTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG
genomic: TACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 2 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 17 (downstream exon)
Score: 24

GCTGTCGCTGACATCATACGCACTACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 15 (downstream exon)
Score: 8

GCTGTCGCTGACATCATACGCACTACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaa ... ttttcttcagGTATTGTGGTTACTAATGATGGTAATGCCATTTTGAGGGAAATAGACATTGCACACCCTGCTGCCAAG




<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTGTCGCTGACATCATACGCACTACATTGGGTCCCAGATCCATGCTGAAAATGCTTCTGGATGCTAGTGGAGgtatgcctaaggcttgcttgtagtctatgagtttcattgttggacaaaagttaacttgaaccattttgtgttgaataactttgatggctggtaataaacg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG