Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgttaattctgctcagtgtttcactttctggttttttggtagctcatatttttcagaacgtaaatgaaataatgattgttaatttggacctatattggcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G068244_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G068244_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g60740.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgttaattctgctcagtgtttcactttctggttttttggtagctcatatttttcagaacgtaaatgaaataatgattgttaatttggacctatattggcag
||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||| | |||     |||| | | ||   | |  |  |  | |   || |  ||        || ||   | || | |  |||| |  |||  ||            
GTGGATTGGATTGGCCAAAAGAATCAGATTGACACTGgtaag-gttg---ttgcttattcttcttcatcat--tcatgtatcagtttgta--------aatgtttgttaagtgaacattgcttgttttaacag----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60397802|gb|DN230618.1|DN230618
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|20803051|gb|BQ294101.1|BQ294101
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211277743|gb|FL328157.1|FL328157
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAG
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAG
EST: gi|211115046|gb|FL357306.1|FL357306
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATA
EST: gi|211113405|gb|FL349341.1|FL349341
EST:     GGTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GGTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|116828080|gb|EC872039.1|EC872039
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211122932|gb|FL351238.1|FL351238
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGT
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGT
EST: gi|60339573|gb|DN206546.1|DN206546
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211283841|gb|FL366659.1|FL366659
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211537318|gb|FL320573.1|FL320573
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211517611|gb|FL357265.1|FL357265
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCCAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTTAAGCTGCTGGAGTG
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTG
EST: gi|211100738|gb|FL316242.1|FL316242
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAHTCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGA-
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|60343124|gb|DN210097.1|DN210097
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211277770|gb|FL330868.1|FL330868
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTA
EST: gi|211077629|gb|FL313497.1|FL313497
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTG
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTG
EST: gi|211047467|gb|FL364281.1|FL364281
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATA
EST: gi|32911901|gb|CF016713.1|CF016713
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|32844239|gb|CD983920.1|CD983920
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|60396304|gb|DN229173.1|DN229173
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211132284|gb|FL314479.1|FL314479
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTG
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTG
EST: gi|78023137|gb|DV491524.1|DV491524
EST:     GGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|32920219|gb|CF025031.1|CF025031
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|116825576|gb|EC869314.1|EC869314
EST:     AGGTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: AGGTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|13198686|gb|BG354488.1|BG354488
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
EST: gi|211105758|gb|FL317208.1|FL317208
EST:     GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTG                         CTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA
genomic: GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 235

GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAACAAATCCTAACCATCCGCTGAACAGCATGGGTAATGGCAATATACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 454

GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAACAAATCCTAACCATCCGCTGAACAGCATGGGTAATGGCAATATACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 150

GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAACAAATCCTAACCATCCGCTGAACAGCATGGGTAATGGCAATATACTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 296

GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgtta ... atattggcagCTAAAGCTGCTGGAGTGAAGCATATTGTGCTGGTGGGATCTATGGGAGGAACAAATCCTAACCATCCGCTGAACAGCATGGGTAATGGCAATATACTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGATTGGGTTGGCCAAAAGAATCAGATCGATGCTGgtatgtgttaattctgctcagtgtttcactttctggttttttggtagctcatatttttcagaacgtaaatgaaataatgattgttaatttggacctatattggcag

- - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG