Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgataccggatttgatcatgatttctattcctttggtttcacgttaaggcttgttcggttagctctcaatccatgtggattgagtgggattgga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T05
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgataccggatttgatcatgatttctattcctttggtttcacgttaaggcttgttcggttagctctcaatccat-gtggattgagtgggattgga--------------
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||  ||||     || |||  |  ||||||  || |       ||||  ||| |||  ||  ||   ||| |   |   | |  ||                   
GTCTCCAAGTTGTATGAAGTTGTGCCTCCTATCCTCACTGAGCTTGGCAAGgtaatgc--tactagattgatcaataattattgctcctttaattac-------ggctccttcagtttacttccatctcattggctaagaaataagaacatccttcacattttcag

upper sequence: GRMZM2G063851_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os11g33240.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgataccggatttgatcatgatttctattcctttggtttcacgttaaggcttgttcggttagctctcaatccatgtggattgagtgggattgga
|| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    ||  |||| |||||||||| |||    |||   | ||  |||  |  |     || |   |    ||||| |     |            
GTCTCCAAGTTGTATGAAGTTGTGCCTCCAATCCTCACTGAGCTTGGCAAGgtaatgc--cactagatt-gatcatgattgctaccgttttatgtccatcttattggctaaaaagtgacaacattgtccatatttccag------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33100125|gb|CF060085.1|CF060085
EST:     ACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: ACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|40335071|gb|CK369141.1|CK369141
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|84908305|gb|DW404183.1|DW404183
EST:     TACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|89248619|gb|DY620405.1|DY620405
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|148929642|gb|EC876096.2|EC876096
EST:     TGTGCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|76010584|gb|DT937754.1|DT937754
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|31363851|gb|CD448206.1|CD448206
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|149100798|gb|EE186892.2|EE186892
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|6973552|gb|AW438288.1|AW438288
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGGTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|110202089|gb|EC883986.1|EC883986
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|71771088|gb|DR969025.1|DR969025
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|78021514|gb|DV489901.1|DV489901
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|37380261|gb|CF626924.1|CF626924
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|5901109|gb|AW042209.1|AW042209
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|241994796|gb|GR421149.1|GR421149
EST:     CCTCCTATCCTCANTGAGNTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCANGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: CCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|32796104|gb|CD948340.1|CD948340
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|110954440|gb|EE174492.1|EE174492
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|148991805|gb|EE033386.2|EE033386
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|93284645|gb|EB676909.1|EB676909
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|149082973|gb|EE172210.2|EE172210
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
EST: gi|60395299|gb|DN228168.1|DN228168
EST:     TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAG                         GTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC
genomic: TGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 129

GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAACCACTTTGGACTATCTGAAGCACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 630

GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAACCACTTTGGACTATCTGAAGCACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 645

GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAACCACTTTGGACTATCTGAAGCACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 344

GTGTCCAAGTTGTATGAAGTTGTACCTCCTATCCTCACTGAGCTGGGCAAGgtaatgtgat ... gttttctcagGTCAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTTTTGCTGAACCACTTTGGACTATCTGAAGCACG