Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtaccagcattaccttagaaccgtttgatgtgttatatgttcggtgctgtggggacttaggttgtctggaaccatctacgggaaggtgaggggttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061928_T03
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211148121|gb|FK994989.1|FK994989
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146691|gb|FK994973.1|FK994973
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTCAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145266|gb|FK994966.1|FK994966
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|74237956|gb|DT645870.1|DT645870
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31909409|gb|CD650904.1|CD650904
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146700|gb|FK994982.1|FK994982
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148123|gb|FK994991.1|FK994991
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149572|gb|FK995003.1|FK995003
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211143831|gb|FK994953.1|FK994953
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146694|gb|FK994976.1|FK994976
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149573|gb|FK995004.1|FK995004
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146702|gb|FK994984.1|FK994984
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146692|gb|FK994974.1|FK994974
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGATTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148133|gb|FK995001.1|FK995001
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145267|gb|FK994967.1|FK994967
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211091461|gb|FK999164.1|FK999164
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145261|gb|FK994961.1|FK994961
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|67012300|gb|CO441049.1|CO441049
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|7118905|gb|AW497510.1|AW497510
EST:     TCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: TCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146703|gb|FK994985.1|FK994985
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|67017766|gb|CO446515.1|CO446515
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60339231|gb|DN206204.1|DN206204
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149571|gb|FK995002.1|FK995002
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149575|gb|FK995006.1|FK995006
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145265|gb|FK994965.1|FK994965
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145262|gb|FK994962.1|FK994962
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146693|gb|FK994975.1|FK994975
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148126|gb|FK994994.1|FK994994
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145258|gb|FK994958.1|FK994958
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|13178120|gb|BG349378.1|BG349378
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGCTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|28930839|gb|CB334200.1|CB334200
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211098874|gb|FK999203.1|FK999203
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGKGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|76012232|gb|DT939402.1|DT939402
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145260|gb|FK994960.1|FK994960
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146695|gb|FK994977.1|FK994977
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60348025|gb|DN214998.1|DN214998
EST:     CTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145263|gb|FK994963.1|FK994963
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60344717|gb|DN211690.1|DN211690
EST:     TTGAGATCGGTCTTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: TTGAGATCGGTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211091460|gb|FK999163.1|FK999163
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146701|gb|FK994983.1|FK994983
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149576|gb|FK995007.1|FK995007
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60343029|gb|DN210002.1|DN210002
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146698|gb|FK994980.1|FK994980
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60396650|gb|DN229518.1|DN229518
EST:     GTCTTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145259|gb|FK994959.1|FK994959
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCT-TTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211143833|gb|FK994955.1|FK994955
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211093927|gb|FK999180.1|FK999180
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270190|gb|FL112873.1|FL112873
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211143834|gb|FK994956.1|FK994956
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211143830|gb|FK994952.1|FK994952
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148120|gb|FK994988.1|FK994988
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148131|gb|FK994999.1|FK994999
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149574|gb|FK995005.1|FK995005
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145269|gb|FK994969.1|FK994969
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|18177630|gb|BM378840.1|BM378840
EST:     GTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|67014869|gb|CO443618.1|CO443618
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211143828|gb|FK994950.1|FK994950
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|76285558|gb|DV025126.1|DV025126
EST:     CTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146699|gb|FK994981.1|FK994981
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60339839|gb|DN206812.1|DN206812
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|28873717|gb|CB329666.1|CB329666
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31909407|gb|CD650903.1|CD650903
EST:     GATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60346798|gb|DN213771.1|DN213771
EST:     CCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
genomic: CCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCAC-AAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAA
EST: gi|211148129|gb|FK994997.1|FK994997
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211270194|gb|FL112877.1|FL112877
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|76285559|gb|DV025127.1|DV025127
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|78104562|gb|DV522980.1|DV522980
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|14243411|gb|BG841076.2|BG841076
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148119|gb|FK994987.1|FK994987
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145264|gb|FK994964.1|FK994964
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTNAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60348523|gb|DN215496.1|DN215496
EST:     CTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|29129886|gb|CB380590.1|CB380590
EST:     CTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: CTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148122|gb|FK994990.1|FK994990
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31356747|gb|CD441104.1|CD441104
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148127|gb|FK994995.1|FK994995
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146697|gb|FK994979.1|FK994979
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148128|gb|FK994996.1|FK994996
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60356641|gb|DN223614.1|DN223614
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145270|gb|FK994970.1|FK994970
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|5325092|gb|AI783283.1|AI783283
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211143829|gb|FK994951.1|FK994951
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|60358335|gb|DN225308.1|DN225308
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211146690|gb|FK994972.1|FK994972
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149578|gb|FK995009.1|FK995009
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|213191211|gb|FM191435.1|FM191435
EST:     GCTCCTGCTGTTTTC-ATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211145271|gb|FK994971.1|FK994971
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211149577|gb|FK995008.1|FK995008
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|211148130|gb|FK994998.1|FK994998
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
EST: gi|31358333|gb|CD442690.1|CD442690
EST:     GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTT                         GTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA
genomic: GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 974

GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 912

GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 706

GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG


Block sizes: 29 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 916

GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtacca ... ctttatgcagGTTGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTTAAATATGAGCTTGACAAGAAAACTGGACTGATTAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCCTGATGCTCCTGCTGTTTTCAATGTTgtaagtaccagcattaccttagaaccgtttgatgtgttatatgttcggtgctgtggggacttaggttgtctggaaccatctacgggaaggtgaggggttt

- - - - - - - GCTGTT