Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcacaccattttttgttttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G060564_T02
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G060564_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os03g03180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcacaccattttttgtt----ttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtag
|||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||   |       | |||| ||    ||| ||||||||  |   ||||||| | | | ||| |  |   |  |  | ||   |  || |||  |||||
TGGACCATGTGTGTCATACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTGTATAATGACATGTCAAGgtggggtttcttctattttcttctacttgctatggttag-atacgaacattgtgttagacctccctgaatc-cattcccctgcacctctgtcttgtag

upper sequence: GRMZM2G060564_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: AT1G63830.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcacaccattttttgttttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtag
||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||    |     || |    | | ||  |  ||| | |   |  |||||   | |     || |  ||    | |                  
TGGACCTTGTGTGTCATACATGCTTCGGAGAAGAGCACTTTACAATGACATGTCAAGgtatgtaat----ttctaaactattttgagaatattagtctgatttttttctttgctaagatattgcgcgtcacag------------------

upper sequence: GRMZM2G060564_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
TGGACCTTGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcacaccattttttgttttgttatggttatcactggaacattttttaataccccattacttagccctgccgctcttctttgtgatgtag
|| ||| || ||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |     |  |   |  ||   ||     | |   ||  |  |   || ||  |    ||  ||    | || |   |||   |       
TGCACCATGTGTGTCATACTTGCTTCGCAAAAGAGCTCTTTATAATGATATGTCAAGgtaataggtgctctccat--ttcccttggaagtcttgatgtcaactgaattgatgtcggtgtaaatattgtttcctcatgtctgcatag-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211520836|gb|FL034043.1|FL034043
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|37416319|gb|CF645810.1|CF645810
EST:     TGCGTGTCGCACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATG
EST: gi|211520841|gb|FL034048.1|FL034048
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGG
EST: gi|211520834|gb|FL034041.1|FL034041
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520840|gb|FL034047.1|FL034047
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCA
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCA
EST: gi|211397639|gb|FL034039.1|FL034039
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAS
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211397637|gb|FL034037.1|FL034037
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|148930645|gb|EC872835.2|EC872835
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520833|gb|FL034040.1|FL034040
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211397638|gb|FL034038.1|FL034038
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAS
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520838|gb|FL034045.1|FL034045
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520842|gb|FL034049.1|FL034049
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTG
EST: gi|78090964|gb|DV519338.1|DV519338
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACCTGCCATGCAGTGCAAAGTGTGGCCAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520835|gb|FL034042.1|FL034042
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|101396680|gb|EB820265.1|EB820265
EST:     TGCGTGTCGTACGTGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGACAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTTGGCTACATGCCATGCAGTGGACAGTGTGGCGAGA
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCT-GGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGA
EST: gi|211520837|gb|FL034044.1|FL034044
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|76011810|gb|DT938980.1|DT938980
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
EST: gi|211520839|gb|FL034046.1|FL034046
EST:     TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAG                         ATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG
genomic: TGCGTGTCGTACATGCTTCGCAAAAGGGCTCTCTACAATGACATGTCAAGgtactgcaca ... tgtgatgtagATATGTCTGTTGCGCTGGCTACATGCCATGCAGTGGAAAGTGTGGCGAGAG