Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGAGGAAAGTGGTCAAGAAGTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtactaactggatgcatgtgccatccatgtgctttacaagatgttaattaatcttgtaagagtactaaccagttgtagctgccctgaaatttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G054706_T01
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18649042|gb|BM497861.1|BM497861
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|211331853|gb|FL370139.1|FL370139
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCT
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCT
EST: gi|74236590|gb|DT644504.1|DT644504
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|88752193|gb|DY536334.1|DY536334
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|71326892|gb|DR800103.1|DR800103
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|76931669|gb|DV172797.1|DV172797
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|32788466|gb|CD940702.1|CD940702
EST:     GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTCTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|89757721|gb|DY687204.1|DY687204
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|88752231|gb|DY536372.1|DY536372
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|50324552|gb|CO519678.1|CO519678
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|211447325|gb|FL371185.1|FL371185
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTAYGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|93015545|gb|EB641065.1|EB641065
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCCATGTCAGCT
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCC-ATGTCAGCT
EST: gi|60399511|gb|DN232323.1|DN232323
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|9731637|gb|BE510389.1|BE510389
EST:     ATCCACAGGAGCTCG-GGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGCTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: ATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|211042074|gb|FL383254.1|FL383254
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCA
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCA
EST: gi|71769763|gb|DR967700.1|DR967700
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|32795365|gb|CD947601.1|CD947601
EST:     GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTCTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGANCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|18654773|gb|BM499578.1|BM499578
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTGGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|93015602|gb|EB641122.1|EB641122
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|71436328|gb|DR817378.1|DR817378
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|76923536|gb|DV169535.1|DV169535
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|32795351|gb|CD947587.1|CD947587
EST:     GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTCTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|71428269|gb|DR809319.1|DR809319
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|37418625|gb|CF646983.1|CF646983
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|211301339|gb|FL414902.1|FL414902
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|149044689|gb|EE047662.2|EE047662
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|32802742|gb|CD954978.1|CD954978
EST:     GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTCTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGGGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|76283964|gb|DV023532.1|DV023532
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|93013386|gb|EB638906.1|EB638906
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|32795785|gb|CD948021.1|CD948021
EST:     GATCCGCAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTCTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|21390005|gb|BQ528054.1|BQ528054
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|78081498|gb|DV509910.1|DV509910
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|32805635|gb|CD957869.1|CD957869
EST:     GATCTACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTCTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
EST: gi|211217744|gb|FL411417.1|FL411417
EST:     GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAG                         GTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC
genomic: GTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 89

AATGAGGAAAGTGGTCAAGAAGTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTCCTTCGCAGCGAATCTTGGTTTCCATGTTTTTAAAACCAATGATTTTGCC


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 68

AATGAGGAAAGTGGTCAAGAAGTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTCCTTCGCAGCGAATCTTGGTTTCCATGTTTTTAAAACCAATGATTTTGCC


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 53

AATGAGGAAAGTGGTCAAGAAGTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTCCTTCGCAGCGAATCTTGGTTTCCATGTTTTTAAAACCAATGATTTTGCC


Block sizes: 47 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 72

AATGAGGAAAGTGGTCAAGAAGTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtacta ... gaaatttcagGTTTATGGGCCTGAGAGCTGCCTTGGTCACCAGTTGCCCCCATGTCAGCTCCTTCGCAGCGAATCTTGGTTTCCATGTTTTTAAAACCAATGATTTTGCC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATGAGGAAAGTGGTCAAGAAGTTGCCCAAGTGGATCCACAGGAGCTCGTGGTTCCCAAGCTGTTTGAGAGgtgggtactaactggatgcatgtgccatccatgtgctttacaagatgttaattaatcttgtaagagtactaaccagttgtagctgccctgaaatttcag

- - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT